SimBiology应用
交互式应用程序,便于构建、模拟和分析动态系统
SimBiology提供了一套集成的应用程序,旨在促进构建,模拟和分析动态系统的模型,如定量系统药理学(QSP),药代动力学/药效学(PK/PD)和系统生物学模型。
的SimBiology模型构建器App允许您使用各种建模元素交互式地构建动态模型。例如,您可以建模各种生物系统,如信号通路、代谢网络、PBPK、QSP和PK/PD模型。它还允许您模拟生物变异性和不同的给药方案,以调查各种实验条件和给药策略。
的SimBiology模型分析器应用程序可以让您对动态系统的模型进行分析。您可以使用各种求解器和估计模型参数来模拟模型的动态行为。为了研究系统动力学并指导实验,您可以执行灵敏度分析和参数扫描。
应用程序
SimBiology模型构建器 | 交互式构建QSP、PK/PD和机械系统生物学模型 |
SimBiology模型分析器 | 分析QSP, PK/PD和机械系统生物学模型 |
功能
simbiology |
打开SimBiology模型构建器 |
simbio.diagram.getBlock |
获取SimBiology图表块属性 |
simbio.diagram.setBlock |
设置SimBiology图块属性 |
simbio.diagram.getLine |
获取SimBiology图线属性 |
simbio.diagram.setLine |
设置SimBiology图行属性 |
simbio.diagram.splitBlock |
在图表中分割SimBiology物种块 |
simbio.diagram.joinBlock |
在图表中结合SimBiology物种块副本 |
主题
构建模型
- 建立受体-配体动力学模型
使用SimBiology应用程序创建并模拟一个简单的受体-配体动力学模型。 - 使用SimBiology Model Builder将SGLT2抑制纳入基于生理的葡萄糖-胰岛素模型
更新葡萄糖-胰岛素模型,整合钠-葡萄糖共转运蛋白2 (SGLT2)受体抑制的假想化合物。 - 复制SimBiology块
在图中构建模型时复制和粘贴SimBiology块。 - SimBiology模型组件库
的SimBiology®库是内置组件的集合,您可以使用它们来构建和分析模型。 - SimBiology Model Builder中的消息指示图标
的SimBiology模型构建器应用程序使用上下文图标来提供关于浏览器表和块中的模型组件的更多信息图选项卡。 - 撤消和重做模型的变化在SimBiology
您可以撤销和重做与模型构建和配置块属性相关的操作。 - SimBiology模型构建器的键盘快捷键
的SimBiology模型构建器应用程序为各种建模操作提供键盘快捷键。 - 生成SimBiology模型报告
生成包含模型信息的报告。 - 通过SimBiology Model Builder查看和运行生成的代码
在model Builder应用程序中查看并运行生成的用于模型构建操作的MATLAB代码。 - 从Excel导入和导出变体和剂量到SimBiology模型生成器
将保存在Excel文件中的变量和剂量信息导入和导出到Model Builder应用程序。
分析模型和数据
- 利用SimBiology Model Analyzer计算NCA参数并拟合PK/PD数据
通过非区室分析校准模型参数,并使用非线性回归拟合实验PKPD数据。 - 利用SimBiology模型分析仪进行局部敏感性分析,找到重要的肿瘤生长参数
进行局部敏感性分析,发现肿瘤生长的重要参数。 - 使用SimBiology模型分析仪进行全局敏感性分析,寻找受体占用的重要参数
进行GSA分析,如Sobol指数、基本效应和多参数GSA,以找到靶介导药物配置模型中的重要模型参数。 - 使用SimBiology模型分析仪探索虚拟患者的生物学变异性
为模型参数生成样本值,以代表虚拟患者,模拟探索肿瘤生长变异性,并研究给药方案对肿瘤大小的影响。 - 使用SimBiology模型分析仪应用程序扫描给药方案
探索满足疗效和毒性阈值的多种剂量。 - 使用数据集中的剂量和变量模拟组
使用数据集中特定于组的剂量和变量进行组模拟。 - 生成SimBiology项目结果报告
生成包含程序分析结果的报告。 - 查看和运行SimBiology模型分析器生成的程序代码
在命令行查看并运行生成的程序代码。 - 百分位图
可视化实验数据和模拟统计使用百分比图。 - SimBiology模型分析仪的键盘快捷键
的SimBiology模型分析器应用程序为各种分析操作提供键盘快捷键。