主要内容

建立受体-配体动力学模型

这个例子展示了如何创建和模拟一个简单的模型的受体配体动力学使用SimBiology模型构建器而且SimBiology模型分析应用程序。

在这个模型中，配体l和受体R物种通过可逆结合反应形成受体-配体配合物。这些反应是用质量作用动力学定义的 d C d t ＝ k f ⋅ l ⋅ R − k r ⋅ C ,在那里kf而且kr是正向和反向速率常数。l，R,C分别为配体、受体和受体-配体复合物的浓度。

Open Model Builder App

单击SimBiology模型构建器图标应用程序选项卡或输入simBiologyModelBuilder在命令行。

构建模型

  1. 在首页选项卡，选择模型>创建新的空白模型．输入m1作为模型的名称。该应用程序会创建一个空隔间不愿透露姓名的并显示隔间在图选项卡。

  2. 拖放三个物种块一个反应块进舱。还可以通过双击默认名称重命名物种和分隔区。例如,改变不愿透露姓名的来细胞．

  3. 要将物质与反应连接起来，按住Ctrl键(在Windows上®和Linux®)或选项键(在macOS上)，单击物种块，并拖动这条线。

  4. 单击反应块以查看其属性属性编辑器窗格。2 .设置以下参数。

    • 选择可逆的>真正的．

    • 在州表中，更新的值l来5而且R来10．设置的单位l，R,C物种nanomole /升．

    • 设置转发速率参数的值kf来0.05．设置单位为升/ nanomole /小时．

    • 设置反向速率参数的值kr来0．1与单位1 /小时．

  5. 单击细胞图中的隔间。在属性编辑器窗格中,设置它单位来升．

模拟模型

  1. 在首页选项卡上,单击模型分析图标以打开SimBiology模型分析应用程序。

  2. 在模型分析应用程序,选择程序>模拟模型在首页选项卡。的Program1选项卡打开。

  3. 在模拟步骤的程序，设置停止时间到20秒，因为之后模型会达到饱和状态。

  4. 点击运行从首页选项卡。

  5. 运行该程序将结果绘制在Plot1选项卡。图中用不同颜色显示了模拟的反应。程序存储模拟结果结果在LastRun程序的文件夹。

另请参阅

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