生物信息工具箱는차세대염기서열분석을위한알고리즘과시각화기법을제공합니다。이툴박스를이용하면염기쌍수준의해상도로계산을수행하면서유전체전체를분석할수있습니다。门店브라우저를이용하면단일말단또는쌍말단단편서열을이용하여단편서열정렬을시각화하고조사할수있습니다。다음예제에나타나있듯이사용자지정분석루틴을구축할수도있습니다。

生物信息工具箱는질량분석데이터분석에활용할수있는함수들을제공합니다。이러한함수들을통해SELDI, MALDI, LC / MS、GC / MS데이터에대해전처리및분류하고생물지표를식별할수있습니다。전처리함수에는기준선조정，평활화，보정，재추출등이있습니다。M / Z축을이용하여원시스펙트럼데이터를정렬하고LC / MS、GC / MS데이터에대해체류시간정렬을수행할수있습니다。여러개의스펙트럼을동시에그릴수있습니다。

스펙트럼을평활,화정렬,정규화하고,이어서분류및통계학습도구를이용하여분류기를만들고잠재적인생물지표를식별할수있습니다。

염기서열정렬

이툴박스는쌍단위염기서열,염기서열프로파일,다중서열정렬등염기서열분석을위한함수,객체,메서드를제공합니다。여기에는다음이포함됩니다。

• ,均为Needleman-Wunsch프로파일은닉마르코프모델알고리즘등국소및전역염기서열정렬을위한MATLAB표준알고리즘구현
• 점진적다중서열정렬
• 정렬결과행렬의시각적현
• Pam, blosum행렬군등의준측정행렬
• 공통서열계산및서열로고시

염기서열유틸리티와통계학

生物信息工具箱를이용하면염기서열을편집하고분석하여데이터를더욱깊이있게이해할수있습니다。다음을수행할수있습니다。

• 유전암호를이용하여dna나RNA염기서열을아미노산서열로변환
• 염기서열에대한통계분석수행및염기서열내특정패턴검색
• 제한효소와단백질분해효소를적용하여염기서열에대한인실리코소화수행또는시험사례를위한임의의염기서열생성
• RNA염기서열의최소자유에너지2차구조예측

염기서열시각화

生物信息工具箱를이용하여염기서열과정렬을시각화할수있습니다。GenBank특징이주석으로달린선형또는원형염기서열지도를볼수있습니다。RNA염기서열의2차구조를시각화할수있습니다。대화형뷰어를이용하여쌍단위및다중서열정렬을탐색하고수정할수있습니다。

계통수분석

生物信息工具箱를이용하여계통수를만들고편집할수있습니다。Jukes-Cantor p거리,정렬점수또는사용자정의거리법등의다양한유사성행렬을이용하여,정렬되거나정렬되지않은뉴클레오타이드또는아미노산염기서열사이의쌍단위거리를계산할수있습니다。근린결합,단일연결및완전연결,비가중쌍별평균결합법(UPGMA)등다양한기법의계층구조연결을이용하여계통수를구축합니다。

이툴박스를이용하여계통수에가중치를부여하고,뿌리를재결정하고,서브트리를계산하고,계통수의표준형식을계산할수있습니다。계통수뷰어를이용하면가지치기，순서변경및이름변경이가능합니다。또한거리를탐색하고纽维克형식파일을읽거나쓸수있습니다。MATLAB의주석도구를이용하여발표에사용할수있는수준의계통수를만들수도있습니다。

단백질특징분석

生物信息工具箱는원자조성,등전점,분자질량등펩타이드염기서열의속성을계산하는루틴등단백질염기서열분석기법을제공합니다。단백질염기서열의아미노산조성을파악하고,효소로단백질을쪼개고,PDB데이터에대한뼈대플롯및라마찬드란플롯을만들수있습니다。序列的工具을이용하면아미노산염기서열의물성을관찰할수있고分子观众를이용하여3차원분자구조를표시하고편집할수있습니다。