开始使用医学图像标签
的医学图像标签app可以让你在2-D和3-D医学图像中交互式标记像素。可以将带标签的数据导出为groundTruthMedical对象来训练语义分割算法。
的功能概述医学图像标签并比较了二维和三维图像标注。
开始新的标签会话
管理标签医学图像标签使用应用程序会话。您可以创建一个卷会话来标记3-D图像卷，或者创建一个图像会话来标记2-D图像或按时间相关的一系列图像。在一个会话中，您可以导入和标记多个图像文件。这些可能是来自一个病人的重复扫描，也可能是来自多个病人的同一组组织、器官或其他感兴趣的区域的扫描。按照以下步骤创建一个新的标签会话。
打开医学图像标签应用程式应用程序选项卡上的®将来发布,在图像处理与计算机视觉“，．也可以通过使用
medicalImageLabeler命令。在应用程序工具条上，单击新会话并选择新卷会话(3d)或新建图像会话(2-D)．
您还可以通过单击加载以前的会话公开会议．
指定会话文件夹。你必须预先指定会话文件夹，因为应用程序在绘制标签图像时自动保存它们。因此，会话文件夹必须能够访问足够的内存来保存会话的所有标签图像。有关更多详细信息，请参见医学图像标签如何管理地面真相标签部分。
加载图像数据
通过单击从文件加载图像导入数据然后，在数据,选择从文件．该应用程序支持加载以下文件格式:
卷会话-单个NIfTI、NRRD或DICOM文件，或包含多个DICOM文件的目录对应一个镜像卷。
图像会话-单个NIfTI或DICOM文件。
如果你加载以前的会话，应用程序会重新打开当你关闭会话时打开的图像数据。
或者，您可以加载一个groundTruthMedical对象以编程方式创建，或从前一个应用程序会话导出为MAT文件。您可以导入groundTruthMedical对象直接从MAT文件或MATLAB工作空间。导入一个groundTruthMedical对象将存储在对象中的图像数据、标签数据和标签定义加载到应用程序中groundTruthMedical对象来加载在应用程序外部创建或由同事共享的部分标记的数据。有关多人标签团队工作的更多细节，请参见在多标签医学图像标签项目上合作．
的数据浏览器窗格列出了应用程序中加载的所有图像文件。应用程序在窗格中显示3d图像数据横向，矢状面,冠状切片飞机和三维体积窗格。该应用程序显示二维图像数据片窗格。
有关在应用程序中查看图像卷的详细信息，请参见使用医学图像标签可视化三维医学图像数据．
创建标签定义
一个标签定义指定分配给图像的每个标签的名称、颜色和顺序。
您可以通过单击在应用程序中交互式地创建标签定义创建标签定义在标签定义窗格。还可以通过单击标签为其分配名称，或通过单击标签名称旁边的颜色方格更改标签的颜色。
或者，也可以从标签定义文件中导入标签定义，或者作为标签定义文件的一部分groundTruthMedical对象。你可以通过编程方式创建一个标签定义文件，或者从以前的应用程序会话中导出一个标签定义文件。有关以编程方式创建标签定义文件的详细信息，请参见LabelDefinitions的属性groundTruthMedical对象。
您必须在标记会话中的所有图像中使用相同的标签定义。
标签图像
中的工具对像素进行标记画和自动化选项卡。
手动标记
方法手动绘制标签徒手画的，协助徒手画的，多边形,画笔工具。
半自动贴标
您可以使用半自动工具添加标签，包括填充区域，用超级像素作画,跟踪边界．方法可以在图像帧或卷片之间插入标记区域自动插入和手动插入工具。
| 工具 | 描述 | 图像 |
|---|---|---|
| 填充区域 | 浸水填充标签图像或填充标签区域的孔。 |
|
| 用超级像素作画 | 在可调整大小的像素网格内手动绘制。要使用此工具，首先选择油漆刷然后点击用超级像素作画．每个超像素包含一个相似强度值的集群。调整Superpixels大小更改超像素网格的大小。 |
|
| 跟踪边界 | 标记具有相似强度值的连接区域。选择跟踪边界在应用工具条中，然后在种子要标记的区域中的像素或体素。该工具通过包含与当前种子强度相似的像素或体素来预测区域的边界。使用阈值滑块来调整相似阈值，用来预测区域边界。增加阈值包括预测区域内高于和低于种子值的更大强度范围。移动光标以更改种子。 |
|
自动贴标
的自动化TAB包含内置的自动化算法，可以改进现有的标签或完全自动化标签。该应用程序提供了基于切片的算法，包括活跃的轮廓，自适应阈值，扩张,侵蚀．在卷会话中，应用程序额外提供滤波和阈值，光滑的边缘,首先进行阈值算法，可以应用于所有片或指定片范围。
您可以添加一个自定义自动化算法在应用程序中使用自动化选项卡上,单击添加算法．通过选择导入已有算法从文件，或使用提供的函数或类模板创建新的算法。
标签的例子
看到使用医学图像标签器标记二维超声系列为标注2-D图像数据的示例。
看到使用医学图像标签器标记三维医学图像为标记3d图像数据的示例。
出口标签结果
您可以导出groundTruthMedical对象和标签定义作为与同事共享的文件。
导出
groundTruthMedical对象作为MAT文件，在首页选项卡上,单击出口而且,在地面实况中,选择到文件．要将标签定义导出为MAT文件，请在首页选项卡上,单击出口而且,在标签定义中,选择到文件．
请注意
实际的像素标签数据存储在LabelData会话文件夹的子文件夹。看到医学图像标签如何管理地面真相标签获取详细信息。
医学图像标签如何管理地面真相标签
的图像标签时医学图像标签App, App会自动将三组数据保存在与当前App会话相关联的session文件夹中。
一个
groundTruthMedical对象存储为MAT文件。的groundTruthMedical对象指定未标记图像和相应标签图像的文件位置，以及与每个标签相关联的名称和颜色。子文件夹名为
LabelData，其中包含标签图像。在图像会话中创建的像素标签图像保存在
LabelData文件夹作为MAT文件。MAT文件将像素标签存储为uint8数组中。方法可以将标签图像读入MATLAB工作区负载函数。在卷会话中创建的体素标签图像保存在
LabelData文件夹作为NIfTI文件。NIfTI文件将体素标签存储为uint8数组中。方法可以将标签图像读入MATLAB工作区niftiread函数。子文件夹名为
AppData，它包含存储为MAT文件的关于应用程序会话的数据。
另请参阅
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