主要内容

groundTruthMedical

医学图像的地面真值标签数据

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    描述

    的groundTruthMedical对象包含关于医疗图像数据集合的数据源、标签定义和标签数据的信息。您可以导入或导出一个groundTruthMedical对象的医学图像标签应用程序。

    创建

    的医学图像标签App自动创建groundTruthMedical对象的一个应用程序会话。应用程序将对象保存为MAT文件。手动导出groundTruthMedical对象上的特定文件位置首页选项卡的应用程序工具条，选择出口而且,在地面实况中,选择到文件．要创建一个groundTruthMedical对象，使用groundTruthMedical函数。

    语法

    (数据源，labelDefinitions,labelData)

    描述

    例子

    gTruthMed= groundTruthMedical (数据源，labelDefinitions，labelData）创建一个groundTruthMedical对象,gTruthMed，您可以将其导入医学图像标签应用程序。

    • 数据源指定未标记的地面真值图像的来源，并设置数据源财产。

    • labelDefs参数的标签定义LabelDefinitions财产。

    • labelData指定图像标签数据的位置并设置LabelData财产。

    属性

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    此属性是只读的。

    地面真相数据的来源，指定为VolumeSource对象或ImageSource对象。数据源对象指定标记了地面真实数据的未标记医学图像文件的位置。方法在创建对象时设置此属性数据源输入参数。

    此属性是只读的。

    标签定义，指定为一个表。要创建此表，请使用以下选项之一:

    • 在医学图像标签app创建标签定义，然后单击将它们导出为MAT文件出口而且,在标签定义,选择到文件．

    • 在MATLAB中手动创建标签定义表®命令行。

    表描述了必选和可选列LabelDefinitions表格

    列 描述 必选或可选
    的名字 字符串标量或字符向量，每个都指定标签定义的名称。

    要求

    所有的名称必须是唯一的和有效的MATLAB变量名。有关有效变量名的详细信息，请参见变量名．
    PixelLabelID 范围为[1,255]的数字整数标量，每个标量指定一个数字标签ID。

    要求

    所有像素标签id必须是唯一的。
    LabelColor 指定标签颜色的RGB三元组。取值范围必须为[0,1]。

    可选

    中定义标签时医学图像标签App中，你必须指定一个颜色。因此，导出的标签定义表总是包含这一列。

    在以编程方式创建标签定义时，可以排除LabelColor列。当您创建groundTruthMedical对象时，此列将自动添加默认值。的顺序分配默认颜色医学图像标签应用程序。

    方法在创建对象时设置此属性labelDefs输入参数。

    数据类型:表格

    此属性是只读的。

    标记数据文件名，指定为n-by-1 string数组，其中n是否指定映像或映像卷的数量数据源．的每个元素LabelData包含数据源中对应映像或卷的标签数据文件的名称。

    • 如果数据源是VolumeSource对象，那么标签数据必须存储为NIfTI文件。

    • 如果数据源是ImageSource对象，那么标签数据必须存储为MAT文件。

    • 如果映像或映像卷不存在标签，则指定对应的元素LabelData作为空字符串，＂＂．

    方法在创建对象时设置此属性labelData输入参数。

    数据类型:字符串

    对象的功能

    changeFilePaths 更改医学图像的地面真相数据中的文件路径
    合并 合并两个或多个groundTruthMedical对象

    例子

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    打开实时脚本

    为三个二维的foreams x射线创建地面真相数据，存储为DICOM文件，以及它们对应的标签图像，存储为MAT文件。这些图像作为支持文件附加到这个示例中。指定数据目录作为当前示例目录。

    dataFolder = pwd;

    创建x射线图像文件信息表dicomCollection函数，并将表指定为sourceTable对于一个ImageSource对象。

    sourceTable = dicomCollection(dataFolder);dataSource = medical.label .loading. imagesource (sourceTable);

    定义用于指定基本事实的标签。指定骨标签数据的名称、显示颜色和数字标签ID。

    labelName =“radiusBone”；labelColor = [1 0 0];labelId = 1;variableNames = [“名称”，“LabelColor”，“PixelLabelID”];labelDefs = table(labelName,labelColor,labelId,VariableNames= VariableNames)
    labelDefs =1×3表名字LabelColor PixelLabelID  ____________ ___________ ____________ " radiusBone“1 0 0 1

    将数据源中的每个图像的标签图像的文件路径指定为字符串数组。对于包含ImageSource对象，标签图像必须是MAT文件格式。

    labelData = [fullfile(dataFolder，“forearmXrayLabels1.mat”); fullfile (dataFolder,“forearmXrayLabels2.mat”); fullfile (dataFolder,“forearmXrayLabels3.mat”));

    创建一个groundTruthMedical对象。

    (数据源，labelDefs,labelData)
    数据源:[1x1 medical.label .loading. properties]。ImageSource: [3x1字符串]LabelDefinitions: [1x3表]
    打开实时脚本

    创建两个胸部CT卷及其对应的标签图像的地面真相数据，以NIfTI文件格式存储。这些文件是医疗分割十项全能数据集的子集[1］．下载MedicalVolumNIfTIData.zip从MathWorks®网站解压文件，然后解压缩该文件。数据文件的大小大约为76 MB。

    zipFile = matlab.internal.examples.downloadSupportFile(“医疗”，“MedicalVolumeNIfTIData.zip”）;filepath = fileparts(zipFile);unzip(zipFile,filepath) dataFolder = fullfile(filepath，“MedicalVolumeNIfTIData”）;

    创建一个VolumeSource对象指定两个CT卷。

    filePath1 = fullfile(dataFolder，“lung_027.nii.gz”）;filePath2 = fullfile(dataFolder，“lung_043.nii.gz”）;source = {filePath1;filePath2};dataSource = medical.label .loading. volumesource (source);

    定义用于指定基本事实的标签。为肿瘤标签数据指定名称、显示颜色和数字标签ID。

    labelName =“肿瘤”；labelColor = [1 0 0];labelId = 1;variableNames = [“名称”，“LabelColor”，“PixelLabelID”];labelDefs = table(labelName,labelColor,labelId,VariableNames= VariableNames)
    labelDefs =1×3表名字LabelColor PixelLabelID  _______ ___________ ____________ " 肿瘤“1 0 0 1

    将数据源中的每个图像的标签图像的文件路径指定为字符串数组。如果数据源图像没有标签数据，则将标签数据数组的对应元素指定为空字符串。

    labelDataFile = fullfile(dataFolder，“LabelData”，“lung_027.nii.gz”）;labelData = [labelDataFile .＂＂];

    创建一个groundTruthMedical对象。

    (数据源，labelDefs,labelData)
    数据源:[1×1 medical.label .loading. properties]。VolumeSource] LabelData: [2×1 string]标签定义:[1×3 table]

    [1]医疗细分十项全能。“肺”。任务。已于2018年5月10日登陆。http://medicaldecathlon.com/．

    Medical Segmentation Decathlon数据集是在CC-BY-SA 4.0许可下提供的。所有的保证和声明是不承认的。详细信息请参见license。

    版本历史

    在R2022b中引入

    另请参阅

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