今天我们请来了两位客座博主，Lisa Kempler和Pradeep Ramamoorthy，他们在马萨诸塞州Natick的MathWorks工作，为研究人员提供支持和开发在线工具。他们的帖子谈到了一个相对较新的代码共享平台，代码海洋。

内容

什么是代码海洋?

代码的海洋是一个基于云的平台，旨在进一步的计算可重复性和开放研究。该网站可以通过浏览器访问，使研究人员能够共享与他们发表的研究相关的代码和数据。站点的访问者可以查看和运行代码，从而验证代码是否产生原始研究论文中描述的结果。该平台支持多种编程语言，包括MATLAB。

为了提供更方便的代码和数据访问，code Ocean最近宣布了输出计算胶囊的能力:

https://medium.com/codeocean/new-compute-capsules-now-exportable-from-code-ocean-54b5bacb3e0e

用户现在可以下载这些代码胶囊或容器——代码、数据和计算环境的封装——以便重用和构建已发表的研究和代码，包括计算环境。下载了包含MATLAB代码的计算胶囊的MATLAB用户可以在本地计算机上运行该代码并查看相关结果。

从开放科学到可重复利用研究

长期以来，可复制研究(RR)一直是出版商和资助机构的一大推动力，他们希望确保研究得到充分的审查。好的、可验证的研究有两个主要好处:1)出版物提供高价值的信息;2)后续研究的研究人员可以自信地建立在同行的工作基础上。

研究人员想要利用历史研究的欲望导致了一场围绕开放科学，或者更广泛地说，开放研究的运动。开放的主要目标与RR的潜在驱动因素相同;如果您确保结果可以被复制，那么就可以在这些结果的基础上进行开发。然而，“开放”则更进一步。开放使RR超越了证明研究的有效性而转向重用——这是使研究方法和结果工件广泛可访问的要求。

使用代码海洋，发表的作者可以复制和验证他们的研究结果。然而，Code Ocean对研究人员的主要价值是重用他们发表过的同行的工作。

尽管下载代码、相关数据以及相关图形和数字输出的能力为研究人员提供了巨大的优势，但提交发表的研究人员的购买仍然有限。在最近的一篇文章中(期刊政策有效性对计算再现性的实证分析)， stoden等人证明了大多数研究人员对RR缺乏参与。该研究认为，204篇已发表论文中的56篇在计算上是可复制的，即使在多次尝试从其余148篇论文的作者那里获得额外信息之后也是如此。这项研究的发现是，25%的论文遵从了固有的计算性，这告诉我们，对于大多数已发表的计算性研究来说，标准仍然是1)不可再现性和2)不那么透明的重用路径。

在Code Ocean上有MATLAB语言支持使得研究人员更容易分享他们的工作。使用这些测试输出，MATLAB用户可以创建新的研究，并将他们的学习转移到科学和工业的新创新和产品。2022世界杯八强谁会赢？由于发布者、作者和后续研究人员都看到了共享的价值，Code Ocean的轻松上传和共享平台有可能提高RR遵从性(以及可重用性)。

什么是计算胶囊?

计算舱是代码海洋上的基本单元。它们封装了再现和重用研究所需的元素——代码、数据、文档和计算环境的规范。研究人员创建一个与他们的研究相关的计算胶囊，来访者打开这些胶囊来检查和运行代码。

导出Compute Capsule

假设你是一名神经科学领域的研究人员。您将听到模拟大脑纤维的模型正在进行的研究和开发。

一旦您登录到Code Ocean网站(设置一个帐户是快速且免费的)，您就可以探索已发布的计算胶囊的画廊，或者搜索相关术语。如果你搜索“纤维”或“大脑”，你会看到相关的结果，如下图所示:

第一个搜索结果-纤维源分离-看起来很有希望，可能是你在寻找的。点击链接将进入Code Ocean IDE，它允许您与代码交互，查看支持文档和可视化，并在Code Ocean的云平台上运行代码。

要导出这个胶囊，只需从“胶囊”菜单中选择“导出”选项。

选择此选项将初始化下载过程。下载完成后，就可以解压缩下载的包。繁殖。下面的Md是您的read-me文件，包含了复制胶囊结果所需的步骤。下一步，打开胶囊，需要您安装Docker并具有使用Docker的一些经验。

总结

能够查看和重用与已发表的研究相关的代码是一个很大的优点。代码和发表的文章之间具有双向链接，从出版商网站上的论文到代码，从code Ocean胶囊返回到论文，这使得查找和使用不同的相关组件变得很容易。如果您已经发表了一篇带有相关MATLAB代码的论文，请考虑将其上传到code Ocean。或访问代码的海洋查看和下载与研究相关的MATLAB代码。

您是否使用过Code Ocean(或类似的平台)来满足您的研究和代码共享需求?让我们知道在这里．

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发布与MATLAB®R2018b