SimBiology是什么?
SimBiology®提供用于建模、模拟和分析动态系统的应用程序和编程工具,重点关注定量系统药理学(QSP)、基于生理学的药代动力学(PBPK)和药代动力学/药效学(PK/PD)应用。您可以使用SimBiology框图编辑器交互式地构建模型,也可以使用MATLAB编程地构建模型®语言。您的模型可以从头创建,作为SBML格式的文件导入,或者基于SimBiology中提供的模型示例构建。
SimBiology提供了多种技术,用于分析基于ode的模型,其复杂性和大小不等。你可以运行模拟来评估目标的可行性,预测药物疗效和安全性,并确定最佳给药计划。您可以使用局部和全局敏感性分析来识别关键路径和参数,并通过运行参数扫描来评估生物可变性。为了估计参数,可以使用非线性回归和非线性混合效应技术拟合数据,并执行非分区分析(NCA)。
您可以使用SimBiology来建模、模拟和分析生物系统和药物药理学。它为QSP、PBPK和PK/PD应用程序提供点和点击应用程序和编程工具,以加速药物发现和开发。
您可以交互式地构建模型——使用SimBiology框图编辑器——或者编程地使用MATLAB®语言。要使用该图表,只需将表示系统组件(如反应和物种)的块连接起来,并定义反应速率。SimBiology将自动从图表表示中导出方程组。
在构建模型时,对任何给定的组件使用您最熟悉的单元。当您运行计算时,单位转换将自动将所有数量转换为一致的单位系统。
SimBiology提供了多种方法,用于分析基于ode的模型,跨越许多复杂性和大小。运行模拟来评估目标的可行性,预测药物疗效和安全性,并确定最佳给药计划。
使用滑块交互式地探索参数变化对模型结果的影响。
通过从分布中抽样参数值的蒙特卡罗模拟评估生物可变性。
通过自动将模型转换为编译代码来加速模拟
使用敏感性分析识别关键途径和模型参数。使用全局灵敏度分析来理解哪些输入驱动模型在参数空间中的响应,这可以帮助制定参数估计策略。
SimBiology可以通过使用局部和全局优化方法拟合实验时间过程数据来估计模型参数。你也可以计算置信区间;本例估计茶碱的药代动力学参数。
通过编程方式与MATLAB脚本一起使用SimBiology来实现自动化分析,并超越内置工具。
使用并行计算工具箱,许多分析甚至可以更快地运行。您可以跨多个核心、集群和云资源分布模拟。
通过将SimBiology模拟部署为web应用程序,与合作者共享建模见解。合作者可以使用浏览器访问和运行web应用程序,而不需要安装任何软件。
要开始,请查看下面的链接或下载SimBiology的免费试用版。
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