SimBiology

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建模、模拟和分析生物系统

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为使用SimBiology和MATLAB进行QSP、PBPK和PK/PD建模工作的科学家提供了一个聚集地。

建筑模型

构造定量系统药理学(QSP)、基于生理的药代动力学(PBPK),或药代动力学/药效学(PK / PD)就像你用SimBiology模型构建器在纸上画出来的一样。

指定模型动力学

使用拖放框图编辑器或编程工具来构建QSP、PBPK或PK/PD模型。从系统生物学标记语言(SBML)文件导入现有模型。

创建模型变体

使用模型变量来存储一组不同于基本模型配置的参数值或初始条件。无需创建模型的多个副本,即可轻松模拟虚拟患者、候选药物、备选场景和假设。

将可选数量值作为模型变量存储。

将可选数量值作为模型变量存储。

评估剂量策略

定义和评估给药策略。评估联合治疗的好处,并通过结合针对不同模型物种的给药计划来确定最佳给药策略。

模拟模型

使用各种确定性和随机求解器模拟模型的动态行为SimBiology模型分析或编程工具。

选择一个解算器

从几个可用的确定性求解器中选择一个,包括MATLAB解决歌唱日晷解决者,或选择其中之一随机动力学,包括随机模拟算法(SSA)、显式跳变算法和隐式跳变算法。

自动化单位转换

选择最适合你的模型的单位;例如,指定以毫克为单位的剂量,以纳克/毫升为单位的药物浓度,以升为单位的血浆体积。单位转换工具将模型和数据中的所有数量转换为一致的单位系统。

指定单位并自动执行单位转换。

指定单位并自动执行单位转换。

加速模拟

通过将模型转换为编译后的C代码,加速大型模型或蒙特卡罗模拟的仿真。通过跨多个核、集群或云计算资源分布模拟,进一步提高性能并行计算工具箱™

通过扩展到集群和云来提高模拟性能。

估计参数

通过拟合模型与实验时间过程数据来估计模型参数。通过执行非分区分析(NCA)计算PK参数。

Noncompartmental分析

从药物浓度的时间过程测量计算药物的药代动力学参数,而不假设室室模型。使用稀疏采样或串行采样,对单个或多个剂量的实验和模拟数据进行NCA。

线性和半对数尺度下浓度-时间数据的AUC计算。

线性和半对数尺度下浓度-时间数据的AUC计算。

非线性回归

估计参数使用局部或全局估计方法和计算置信区间用于参数和模型预测。独立地拟合每个组以生成特定于组的估计值,或同时拟合所有组以估计单个值集。

双室PK模型的高斯参数置信区间。

双室PK模型的高斯参数置信区间。

非线性混合效应技术(NLME)

使用NLME方法使用期望最大化随机逼近(SAEM)、一阶条件估计(FOCE)、一阶估计(FO)、线性混合效应(LME)近似或限制性LME近似来拟合人口数据。

非线性混合效应方法的进展图。

非线性混合效应方法的进展图。

分析模型

执行灵敏度分析、参数扫描和蒙特卡罗模拟,以探索参数和条件对模型行为的影响。

内置程序和交互式探索工具

使用内置分析步骤与SimBiology模型分析仪应用程序组成分析程序。使用滑块交互式探索参数或剂量计划的变化对模型结果的影响。

全局和局部敏感性分析

通过执行局部或全局敏感性分析,探索模型数量变化对模型响应的影响。使用全局灵敏度分析来理解哪些模型输入驱动跨参数空间的模型响应,并为参数估计策略提供信息。

自定义分析

使用SimBiology编程与MATLAB脚本自动化分析和创建自定义分析。您还可以使用社区贡献的工具作为附加世界杯预选赛小组名单组件,在SimBiology模型上执行自定义分析,例如虚拟种群模拟。

世界杯预选赛小组名单社区从SimBiology在线社区贡献工具。

世界杯预选赛小组名单社区从SimBiology在线社区贡献工具。

部署模型

使用App Designer创建模型探索应用程序,并使用MATLAB编译器打包它们。与无法访问MATLAB和SimBiology的合作者共享SimBiology模拟,而不需要公开建模细节。

构建和部署Web应用程序

创建应用程序使用程序设计师,使用MATLAB编译器™打包它们,并使用MATLAB Web应用服务器™.合作者可以使用浏览器访问并运行web应用程序,而无需安装任何软件。

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