科学家使用MATLAB®分析各种尺寸的显微镜图像，从标准光学工作台图像到整个幻灯片分析。解剖学家、病理学家、微生物学家和生物医学专业人员使用MATLAB进行典型显微镜工作流程的所有步骤，包括预处理、细胞计数和分类、细胞跟踪、组织分割和疾病诊断。
MATLAB和图像处理工具箱™集成了计算机视觉工具箱™、统计和机器学习工具箱™和深度学习工具箱™，使科学家能够在他们的研究中使用广泛的方法。在显微镜中也有一个强大的MATLAB开发社区，该领域的专家正在创建更多世界杯预选赛小组名单的工具来帮助科学家完成他们的特定任务。
“我们在MATLAB中开发的算法，并在MathWorks顾问的帮助下部署为应用程序，使我们能够获得定量分析结果，避免人为错误，更有效地协作，可靠地再现结果，并使每年完成的可行性研究数量翻倍。”
Ryuta Saito，三菱田边制药
MATLAB显微镜图像分析
科学家使用MATLAB对显微镜工作流程进行定量分析。科学家可以开发这些工作流程，而不需要编写代码图像分割程序或者是颜色阈值App，然后自动创建复制交互处理的文档化代码。科学家还使用形态学和一般图像处理来执行常见的显微镜任务，如细胞分割、计数和识别。有一个丰富的生态系统的科学家在MATLAB中开发显微镜图像分析工具。有关例子，请看这些文件交换上的显微镜工具。
用MATLAB进行全幻灯片分析
blockedImage在R2019b中引入了一种处理十亿像素整体幻灯片图像的新数据类型。使用这种数据类型，科学家可以使用为处理较小显微镜图像而开发的代码对整个幻灯片图像进行核外操作。该数据类型与深度学习工具箱集成，使用深度学习实现高吞吐量的整张幻灯片分析。科学家使用MATLAB来预测结果，分割组织，并在整个幻灯片图像中分析癌症。
用MATLAB控制显微镜仪器
科学家和工程师可以在他们的显微镜上使用MATLAB作为控制软件以及图像采集和一般设备控制。利用所有这些工具的组合，科学家可以创建功能齐全的显微镜，具有高水平的机载图像形成和分析方案。这可以消除对大数据存储空间的需求，并在一台仪器上实现完整的工作流程。
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