主要内容

模拟对生物变异和剂量的反应

模拟生物变异来比较动物种类、菌株或实验条件,并研究不同的给药策略

通过创建模型来表示不同菌株、患者或实验条件之间的生物变异变体并执行蒙特卡罗模拟探讨影响模型反应或治疗终点的模型参数的可变性。模拟虚拟病人而且替代方案不需要创建模型的多个副本。通过模拟研究药物的有效性和安全性剂量评估各种给药方案并确定最佳给药方案。

应用程序

SimBiology模型构建器 交互式构建QSP、PK/PD和机械系统生物学模型
SimBiology模型分析 分析QSP, PK/PD和机械系统生物学模型

功能

全部展开

场景 模拟的场景
添加 添加数量值、剂量或变量SimBiology。场景对象
生成 生成的场景SimBiology。场景对象和返回表
getNumberScenarios 返回场景的数量SimBiology。场景对象
getEntry 获取条目内容SimBiology。场景对象
updateEntry 更新条目内容SimBiology。场景对象
删除 删除条目从SimBiology。场景对象
重命名 重命名输入从SimBiology。场景对象
验证 验证SimBiology。场景对象
addvariant 为模型添加变量
sbiovariant 构造变量对象
addobservable 将可观察对象添加到SimBiology模型
addcontent(变种) 向变量对象追加内容
提交(变种) 向模型提交变量内容
getvariant(模型) 从模型中获取变量
rmcontent(变种) 从变量对象中删除内容
sbiodose 构建剂量对象
adddose 将剂量对象添加到模型
createDoses 从groupedData对象创建剂量对象
getdose(模型) 返回SimBiology剂量对象
可以获得的(ScheduleDose RepeatDose) 从SimBiology剂量对象返回数据作为表
可变的(ScheduleDose RepeatDose) 从表到剂量对象设置剂量信息
sbiosimulate 模拟SimBiology模型
createSimFunction 创建SimFunction对象
sbiosteadystate 找到稳定的状态SimBiology模型
sbioaccelerate 为加速模拟准备模型对象
加速(SimFunction) 为加速模拟准备SimFunction对象
isaccelerated (SimFunction) 确定SimFunction对象是否加速
addobservable 在SimData中添加可观察表达式
renameobservable 在SimData中重命名可观察对象
getdata (SimData) 获取仿真数据SimData对象
删除 删除模拟数据SimData使用表达式对象
removebyname 中按名称删除模拟数据SimData对象
updateobservable 更新SimData中的可观察表达式或单元
selectbyname (SimData) 中按名称选择模拟数据SimData对象
选择(SimData) 中选择模拟数据SimData使用表达式对象
sbiosampleparameters 通过抽样协变量模型生成参数(要求统计和机器学习工具箱软件)
sbiosampleerror 根据误差模型对误差进行采样,并对输入数据添加噪声
sbioensemblerun 的多个随机集合运行SimBiology模型
sbioensembleplot 使用2-D或3-D图显示集成运行结果
sbioensemblestats 从集成运行数据中获取统计信息
sbioplot 图模拟结果在一个图
sbiosubplot 情节模拟的结果是子情节
sbiotrellis 用格状图绘制数据或模拟结果

对象

场景 模拟的场景
SimFunction 类似函数的界面来执行SimBiology模型
ScheduleDose 定义给药方案
RepeatDose 定义给药方案
变体 存储备用组件值
可观测的 对象,该对象包含用于模拟后计算的表达式
SimData 仿真数据
Configset 求解器为模型模拟设置信息
SolverOptions 指定模型求解器选项
RuntimeOptions 已记录物种的选项
CompileOptions 量纲分析和单位转换选项

主题

剂量和变异基础知识

模拟基础知识

应用程序工作流程

程序化的工作流程

故障排除

故障诊断仿真问题

通过更改求解器或公差来排除SimBiology模拟错误,如集成公差未满足错误。

选择仿真的绝对公差和相对公差

SimBiology使用AbsoluteTolerance而且RelativeTolerance在模拟过程中控制积分的精度。

从反应中得到颂歌

对于模型模拟,SimBiology利用质量平衡原理从模型反应中推导出常微分方程(ode)。

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