模拟对生物变异和剂量的反应
模拟生物变异来比较动物种类、菌株或实验条件,并研究不同的给药策略
应用程序
SimBiology模型构建器 | 交互式构建QSP、PK/PD和机械系统生物学模型 |
SimBiology模型分析 | 分析QSP, PK/PD和机械系统生物学模型 |
功能
对象
场景 |
模拟的场景 |
SimFunction |
类似函数的界面来执行SimBiology模型 |
ScheduleDose |
定义给药方案 |
RepeatDose |
定义给药方案 |
变体 |
存储备用组件值 |
可观测的 |
对象,该对象包含用于模拟后计算的表达式 |
SimData |
仿真数据 |
Configset |
求解器为模型模拟设置信息 |
SolverOptions |
指定模型求解器选项 |
RuntimeOptions |
已记录物种的选项 |
CompileOptions |
量纲分析和单位转换选项 |
主题
剂量和变异基础知识
- SimBiology模型中的剂量
使用剂量来模拟不同的给药方案。 - SimBiology模型中的变体
使用变量来存储模型的备用参数值和初始条件。
模拟基础知识
- 模型仿真
使用各种求解器模拟动态模型。 - 选择模拟求解器
SimBiology®在模型模拟过程中,使用求解函数计算微分方程组在不同时间间隔下的解。 - 加速模型模拟与分析
通过将模型转换为编译的C代码来加速模拟或分析。 - 在SimBiology中结合模拟场景
使用两种不同的方法组合生成的样本。
应用程序工作流程
- 利用SimBiology模型分析仪探索虚拟患者的生物变异性
生成模型参数的样本值,以代表虚拟患者,模拟探索肿瘤生长的变异性,并研究给药方案对肿瘤大小的影响。 - 使用SimBiology模型分析仪App扫描给药方案
探索满足疗效和毒性阈值的多种剂量。 - 从数据集中使用剂量和变量模拟组
使用数据集中特定于组的剂量和变量进行组模拟。 - 从Excel导入和导出变体和剂量到SimBiology模型构建器
导入和导出保存在Excel文件中的变量和剂量信息到Model Builder应用程序中。
程序化的工作流程
- 利用野生型和突变菌株模拟酵母G蛋白循环的生物变异性
创建一个变种并应用到野生型菌株的G蛋白模型。 - 不同初始条件下葡萄糖-胰岛素反应的模拟模型
模拟正常和糖尿病受试者的葡萄糖-胰岛素反应。
故障排除
通过更改求解器或公差来排除SimBiology模拟错误,如集成公差未满足错误。
SimBiology使用AbsoluteTolerance
而且RelativeTolerance
在模拟过程中控制积分的精度。
对于模型模拟,SimBiology利用质量平衡原理从模型反应中推导出常微分方程(ode)。