主要内容

微阵列分析

微阵列数据的基因表达和遗传变异分析

微阵列包含寡核苷酸或cDNA探针，以测量基因组尺度上的基因表达水平。生物信息学工具箱™允许您使用各种标准化和过滤方法预处理来自微阵列的表达数据。利用归一化数据识别差异表达基因，利用基因本体对表达结果进行富集分析。你也可以从比较基因组杂交(CGH)数据中检测遗传变异，如拷贝数变异(CNVs)和单核苷酸多态性(SNPs)。使用图论算法可视化基因和蛋白质-蛋白质相互作用网络。

突出主题

类别

  • 数据导入与管理
    从Affymetrix导入数据和注释®GeneChip®, Illumina公司®,安捷伦®基因表达综合(GEO)， ImaGene®现货,GenePix®探地雷达和加;根据MIAME标准管理实验数据和样本元数据
  • 预处理
    准备原始微阵列数据，使用背景调整，归一化和表达过滤进行分析;Affymetrix和Illumina数据的广泛预处理。从库文件中检索探测注释
  • 表达分析
    识别、可视化和分类差异表达基因和表达谱
  • 基因变异分析
    发现、分析和可视化遗传变异，如拷贝数变异(CNVs)和单核苷酸多态性(SNPs)
  • 基因本体论
    实时基因本体(GO)信息;利用基因本体网络对微阵列表达结果进行富集分析
  • 网络分析与可视化
    将基本图论算法应用于蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)和其他基因网络使用交互映射、层次结构图和路径查看网络关系
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