请始终检查NIfTI_tools.pdf的详细描述和最新更新。

如果您对ANALYZE图像的左/右感到困惑，请阅读UseANALYZE.pdf。

你也可以通过FAQ.pdf来获得实际的解决方案和真实的例子。

基本程序:

1.load_untouch_header_only。m:只加载NIfTI或ANALYZE文件的头部分。输入文件将被自动检测。NIfTI文件返回NIfTI结构，ANALYZE文件返回ANALYZE结构。

2.load_nii。m:加载N维NIfTI文件(其中N可以从3到7)或ANALYZE文件(其中N可以从3到4)，并应用头信息(如仿射几何变换，体素强度缩放等)到数据。如果你的文件有超过3维(例如时间序列等)，你也可以指定一个范围，只提取一个或几个卷。

3.save_nii。m:保存由load_nii加载的N维NIfTI结构(N为3 ~ 7)。M”或由“make_nii”制作。导入NIfTI文件。

4.make_nii。m:根据N维矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等)制作N维NIfTI结构(其中N可以从3到7)。使用“save_nii”命令可以将由“make_nii”生成的NIfTI结构保存为NIfTI文件。

5.make_ana。m:根据3D矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等)制作3D ANALYZE结构。使用“save_untouch_nii”命令，可以将“make_ana”做的ANALYZE结构保存到一个ANALYZE文件中，以便与一些只做ANALYZE的程序兼容。

6.reslice_nii。m:重新采样3D(或4D) NIfTI文件，或在.mat文件中ANALYZE带仿射矩阵m的文件，并将重新采样的数据保存到新的NIfTI文件中。该程序将基于仿射矩阵，这是特别有用的斜图像与非正交旋转或剪切不能加载“load_nii.m”。你也可以指定voxel_size等等。不会造成负面影响，只要你记得在使用“reslice_nii.m”后不要做切片时间校正。

7.pad_nii。m:从NIfTI结构的任何一个侧面填充卷，同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在使用reslice_nii之后，这个程序尤其有用，因为新卷很可能具有不同的维度。

8.clip_nii。m:从NIfTI结构的任何一个侧面剪切卷，同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在使用reslice_nii之后，这个程序尤其有用，因为新卷很可能具有不同的维度。

9.view_nii。m:查看和编辑3D(或4D) NIfTI或ANALYZE结构，由load_nii加载。或者由make_nii.m制作。激活图、ROI等可以叠加在背景图像上(见上图)。绘制的视图可以嵌入到现有的图形窗口中。如果您使用它作为一个单独的程序，它还可以编辑图像的方向和体素值，查看体积直方图，并保存修改后的图像。

10.load_untouch_nii。m:加载N维NIfTI文件(其中N可以从3到7)或ANALYZE文件(其中N可以从3到4)，但不应用头中指示的任何更改。警告:不要使用"view_nii. "查看load_untouch_nii.m加载的结构。

11.save_untouch_nii。m:保存N维NIfTI结构(其中N可以从3到7)或ANALYZE结构(其中N可以从3到4)，该结构由“load_untouch_nii. m”加载。M”或由“make_ana”制作。导入一个新的NIfTI或ANALYZE文件。如果不修改加载的数据集，新保存的文件中的头和数据应与原始文件中的头和数据相同。

其他项目:

1.collapse_nii_scan。m:将多个单扫描NIfTI或ANALYZE文件整合为一个多扫描NIfTI文件。

2.expand_nii_scan。m:将多扫描NIfTI文件拆分为多个单扫描NIfTI文件。

3.save_untouch_slice。m:将load_untouch_nii加载的部分切片保存回原始图像。你可以用任何方式处理这些切片矩阵，只要它们的维数没有改变。

4.get_nii_frame。m:返回NIfTI文件的时间帧数。

5.flip_lr。m:沿原点平面左右翻转NIfTI或ANALYZE文件，并将从左到右翻转的数据保存为NIfTI文件。警告:请谨慎使用此程序，尽管您可以随时将其翻转回来。

6.load_nii_ext。m:从NIfTI文件中加载头扩展。

7.mat_into_hdr。m:将旧SPM .mat文件中的仿射矩阵集成到它的.hdr头文件中。因此，ANALYZE文件被转换为带有更新后的.hdr头文件的NIfTI文件。