计算生物学
分析、可视化和建模生物数据和系统
MathWorks®计算生物学产品为生物信息学和系统药理学应用提2022世界杯八强谁会赢?供了执行各种分析工作流程的工具。
使用这些工具,您可以在本地或集群环境中执行端到端生物信息学分析。您可以使用应用程序查看和探索集成下一代测序(NGS)数据,识别差异表达的基因或特征,并从NGS数据中发现拷贝数变异。
使用集成的应用程序或命令行,创建和分析定量系统药理学(QSP),基于生理的药代动力学(PBPK)和药代动力学/药效学(PK/PD)应用程序的动态模型。例如,您可以运行并行模拟和参数扫描来评估目标的可行性和表征生物可变性。您还可以使用局部和全局敏感性分析来识别关键参数,并使用非线性回归和混合效应技术估计模型参数。然后,使用自动生成的报告和部署的应用程序共享您的工作和模型。
2022世界杯八强谁会赢?计算生物学产品
主题
下一代测序
- 使用基因组学查看应用程序可视化NGS数据(生物信息学工具箱)
查看细胞色素p450基因单核苷酸变异的NGS比对数据。 - 从RNA-Seq数据中识别差异表达基因(生物信息学工具箱)
使用负二项式模型测试差异表达基因的RNA-Seq数据。 - 计数功能从NGS读取(生物信息学工具箱)
将配对的末端读数与整个人类基因组对齐并总结读数。
定量系统药理学
- 使用SimBiology Model Builder将SGLT2抑制纳入基于生理的葡萄糖-胰岛素模型(SimBiology)
更新葡萄糖-胰岛素模型,整合钠-葡萄糖共转运蛋白2 (SGLT2)受体抑制的假想化合物。 - 使用SimBiology模型分析仪进行全局敏感性分析,寻找受体占用的重要参数(SimBiology)
进行GSA分析,如Sobol指数、基本效应和多参数GSA,以找到靶介导药物配置模型中的重要模型参数。 - 使用SimBiology模型分析仪探索虚拟患者的生物学变异性(SimBiology)
为模型参数生成样本值,以代表虚拟患者,模拟探索肿瘤生长变异性,并研究给药方案对肿瘤大小的影响。
PBPK和PK/PD建模
- 建立受体-配体动力学模型(SimBiology)
使用SimBiology应用程序创建并模拟一个简单的受体-配体动力学模型。 - 利用SimBiology Model Analyzer计算NCA参数并拟合PK/PD数据(SimBiology)
通过非区室分析校准模型参数,并使用非线性回归拟合实验PKPD数据。 - 苯巴比妥在新生儿体内的群体药代动力学模型(SimBiology)
利用临床药代动力学数据进行非线性混合效应建模。 - 估计药物的生物利用度(SimBiology)
拟合昂丹司琼药物的吸收和排泄模型,以估计其生物利用度。