BrainSurfer

BrainSurfer是可视化的MATLAB工具箱大脑表面和显示统计地图之上。

它快速创建漂亮的你已经处理的数据数据和分析。它支持从体积预测数据空间到freesurfer fsaverage和连接体工作台fs_LR (s900)空间。也是兼容多种文件类型存储地表数据(cifti, nifti、gifti freesurfer的标签,注释和形态格式lilke .curv),并可以很容易地使用这些格式之间转换文件。BrainSurfer表面地图上还可以执行很多操作(例如,基于范围值的阈值,集群大小,和假定值,还概述了集群、平滑、结合,掩蔽,和平均地图,和很多其他的东西)和可以自动标准化截图大量表面地图。其可视化功能包括调节能力的透明度表面由其他地图,地图和代表两到三面映射在一个网格使用2 d(广场)和3 d(立方体)colormaps。它包含一个GUI创建自己的colormaps和GUI支持保存状态,这样您就可以与其他用户共享数据可视化表面完全按照你设置它们在BrainSurfer,即使用户没有文件用于生成可视化。

安装

大多数测试是在MATLAB上执行2021年所以建议您升级到最新的MATLAB版本。MATLAB 2020和MATLAB 2020 b的工作但还没有彻底的测试。Windows 10或mac OS(大苏尔)是必需的(卡特琳娜应该是好的)。如果您使用的是旧版本的MATLAB(例如,2019)和你遇到一个错误,你可以被打开.mlapp brainSurfer工作文件和绿色的运行按钮,将自动转换部分的代码不兼容旧版本的MATLAB(你只需要这样做一次)。注意,一个UI元素操纵阈值(滑块)依赖于MATLAB工具箱成像但你仍然能够调整阈值,如果你没有这个工具箱安装。

能够从体积空间和fsaverage空间项目数据到fs_LR表面需要下载连接体工作台。

注意:只有我一直使用这个软件,所以很有可能你会破坏东西的方式我没有预测。如果你有任何问题,请让我知道@alex.teghipco@uci.edu或通过github !

安装BrainSurfer:

1. 下载并把这个工具箱到任意目录中。
2. MATLAB BrainSurfer目录及其子文件夹添加到您的路径,下面的照片所示。

3. 输入“brainSurfer”到命令窗口召唤GUI。如果你忽略第2步,将缺少某些GUI按钮的图标。
4. 提供一个路径连接体工作台的脚本,你以前下载如果你想能够从fsaverage项目数据或体积空间到fs_LR模板(路径需要指向系统特定的目录名称包含“wb_command”和其他一些脚本)。

BrainSurfer只会问你对于一个路径连接体工作台第一次打开(见视频),但是以后你可以手动提供路径。如果没有提供路径,所有其他BrainSurfer特性仍然工作。您提供的路径存储在/脚本/ pathToWorkBench.txt。如果你没有提供任何路径BrainSurfer你第一次打开它,这个文本文件将会出现空但包含一个空格。如果这个文本文件是空的,BrainSurfer将提示您的路径。所以如果你想更新连接体工作台路径你可以打开这个文本文件和删除一切,或者手动输入路径之前储蓄。

matlab应用程序文件是可用的在这里。尽管这可能更容易安装,你不会有访问所有功能在这个包并将丢失一些bug修复。

注:本软件是没有任何形式的保证。

的BrainSurfer manual-tutorial事

这是一个更深入的使用BrainSurfer指南,其中包括大量的文档关于发生了什么。像一个教程的“视频”(gif),各种动作执行显示用数据打包BrainSurfer以便你能跟随自己。一些长视频压缩和模糊的,但这个想法是你产生相同的人物自己的视频。本手册的指南的部分开始第四节。

如果视频差成比例的在github确保您点击/ readme文件打开。

表的内容

1. 文件兼容性
2. 介绍和概述布局
3. 文件命名约定
4. 加载一个衬底的模板
5. 检查补丁
6. 手动加载表面网格
7. 手动添加形态学数据表面网格
8. 加载覆盖
9. 将空间数据量
10. 价值的阈值的衬底/覆盖
11. 在衬底/覆盖变化值
12. 从连续形态学数据创建分类沟和脑回
13. 改变衬底透明
14. 基于集群的阈值的覆盖
15. P-value-based阈值的覆盖
16. 改变限制衬底/覆盖
17. Colormaps
18. 平滑
19. 可视化多个覆盖
20. 覆盖选择按钮
21. 可以覆盖上执行操作
22. 地图集
23. 保存数据
24. 复杂的覆盖
    1. 透明度调制覆盖
    2. 2 d覆盖
    3. 3 d覆盖
25. 改变GUI的外观
26. 脚本和依赖关系(很快就会更新更多的信息)

1。什么文件类型BrainSurfer一起工作?

文件加载到BrainSurfer组织分为以下几类:表面形态数据,统计地图(称为覆盖),和地图册。

面文件代表一个表面的几何网格包含顶点和面孔。这些文件约束freesurfer-friendly格式和gifti文件。

统计地图和形态文件用于颜色分配给每个vertrex表面网格。他们可以在任何这些格式:gifti, cifti, nifti, freesurfer的标签,注释和形态学的文件类型(例如,.curv、.thickness等)。

BrainSurfer特性之一是,它会自动加载项目空间数据量的统计图(如作为nifti文件,尽管它可以是任何其他的文件类型)到fsaverage或fs_LR (s900)表面,这取决于这些模板的表面已经被加载并在BrainSurfer修补。哪个模板项目体积空间映射到基于顶点的数量确定加载表面(32 k fsaverage fs_LR和163 k)。如果non-template表面(例如,本机表面)修补,并包含大量的顶点相匹配的模板,加载一个卷空间统计地图将触发投影过程。记住这个,因为在这种情况下可以想象non-template表面上的投影,即使底层几何形状不匹配。投影到其他表面空间数据量将支持在以后的更新。

阿特拉斯文件可以.annot文件,nifti文件,或cifti文件。你也可以载入.label作为“阿特拉斯”。注意,您需要提供独立的标签,如果你的阿特拉斯是一个nifti文件因为只有cifti和.annot文件包含里面的标签信息。您可以提供标签作为. txt文件的大脑结构索引的区域地图集nifti文件中的值匹配,或作为一个xml文件(像那些用于目前;但确保索引从1开始不是0)。为一个xml文件提供索引结构将意味着你可以有更多的结构比出现在阿特拉斯nifti文件(这同样适用于cifti和.annot文件,但不是nifti文件标签在哪里作为. txt)。BrainSurfer附带Harvard-Oxford图谱投射到fsaverage空间,和HCP MMP1阿特拉斯,这是由fs_LR模板,但我预计到fsaverage空间。MMP的1.0是默认atlas fsaverage和fs_LR模板和将被自动装载时表面与163 k或32 k顶点被加载。再一次,记住的可能性non-template表面加载包含许多顶点匹配这两种模板,在这种情况下,将显示默认地图信息不准确。

支持cifti文件目前有限公司在以下方面:1)由于BrainSurfer左、右半球处理数据,包含两个半球cifti文件无法保存(有一个按钮,可以让你把左和右cifti文件手动;看到保存数据),2)BrainSurfer不会知道如何处理任何数据文件,其中包含表面形状的n x p p是大于1,n是任意数量的顶点。这意味着它不能处理timeseries数据或多个表面地图(除了cifti文件,其中包含一个表面地图左半球和右半球)的一个表面地图。第二个限制广泛适用于其他文件也如此,比如,你不能加载4 d nifti文件并期望它投射到表面,或二维nifti文件与多个表面地图。

注意,目前不支持.ascii .mgh或.vtk文件。

2。介绍和概述布局

BrainSurfer可视化的设计,当大脑表面,你想修补四个来源的数据,按照以下顺序:

1. 表面网格。这是可视化下面所有其他数据源。
2. 某种形态数据。它假定在整个GUI沟的/旋转的数据,但它可以是任何东西。
3. 一个统计地图。
4. 阿特拉斯。这是visualizied之上的所有其他数据源。

允许独立操纵这些数据来源,BrainSurfer包含致力于他们每个人单独的区域,在图像中标记的底部。表现出很多不同的补丁上彼此可以创建交互可视化,所以可用的设置这些信息的来源是有限的。例如,提供了广泛的可视化设置统计地图,这被称为“覆盖”BrainSurfer之内,和很少设置提供了可视化表面网格。表面网格及其形态数据的组合被称为BrainSurfer作为“倾斜”。然而,在表面形态数据是完全可选的。如果你不提供一个统一的灰色颜色将被分配给所有你的网格顶点。

覆盖总是修补表面之上,虽然可以负载覆盖之前修补表面(这不是真的地图集或形态学数据)。选择加载衬底和覆盖文件菜单中包含(下图标注区域1),这是典型的工作流在BrainSurfer将开始。

改变衬底的外观和覆盖控制标记为2。外观设置水平制表符被组织成类别,这些类别和大部分包含重复设置衬底和覆盖。例外是“复杂的覆盖”类别,控制设置补丁代表多个覆盖。您可以使用垂直标签在每个类别改变设置为覆盖或衬底之间切换。在衬底的数据的情况下,大多数的设置将引用操作而不是表面本身形态数据。

选择覆盖将修补上控制衬底的列表框在下图(区域标注3)。当你负载覆盖,他们出现在这里选择。任何更改外观设置将被保存,这样当你重新选择相同的覆盖保存的设置将填充GUI。覆盖是唯一的数据源,允许任意数量的同步补丁。也就是说,您可以选择尽可能多的覆盖补丁的对方为你想要的,但你是有限的(即两个衬底和地图。,左右半球)。虽然你不能编辑外观设置多个覆盖时选择的同时,许多按钮的叠加选择列表框仍然会供你使用。这些按钮提供快速访问等有用功能叠加(s)向上或向下移动列表框内重复覆盖,等等。许多按钮在BrainSurfer包含上下文菜单,包括大部分的这些按钮在列表框的侧面。每一个按钮,在BrainSurfer框,切换等有一个工具提示,可以把你的光标在访问按钮几秒钟。这个工具提示将让你知道如果有选择在右键单击该对象。

地图集是唯一来源的数据不能被加载在文件菜单。相反,两个加载的地图册是可用的选项和外观设置区域标记为4。阿特拉斯的想法是部分应该的和一个可选的建立可视化的一部分。

3所示。命名约定

任何类型的数据加载时,BrainSurfer自动决定的半球基于其文件名和收益属于半球表面生成一个补丁。表面,文件应该有一个明确的参考的半球包括这些字符串之一:‘左’,‘韩’,‘.l。’,‘_l’。”l”、“右”、“自”、“r。”、“_r。”、“r”。相同的一般适用于覆盖,虽然如果你加载CIFTI文件可能包含信息在两个半球。为了确保BrainSurfer知道这一点,避免引用特定的半球在这些情况下。典型的命名约定HCP数据是一致的,通常只包含“LR”指的是左右对称fs_LR模板。如果你有一个文件的名字引用两个半球,或没有半球(不是cifti), BrainSurfer应该问你哪个半球补丁文件上,就像下图所示。

4所示。加载一个衬底的模板

从这一节开始,我们将关注如何执行特定操作在BrainSurfer您可以跳过任何你想要更多的信息。

我们可以迅速召唤一个模板表面及其相关形态学数据使用文件菜单。现在,让我们加载fsaverage模板见下面的视频。

您可能已经注意到一些事情,你这样做。首先,文件菜单包含很多其他的菜单选项。我们将通过这些详细后,但值得记住的是,这是你可能会需要去的地方如果你需要保存或加载数据。

现在,让我们关注表面加载菜单选项,如你所见召唤一整套其他选项为您整理。第一个选择你面对的是你是否想修补表面一个新的图,或一个现有的。BrainSurfer当您创建一个补丁,从主GUI弹出图分离与你要求的补丁(es)。这个数字是现在将得到更新,如果你修改外观设置。如果你刚刚打开BrainSurfer,你别无选择,只能补丁,一个新的图。然而,你可以修补现有图如果你已经创建了一些补丁。这将添加一个半球现有图如果半球还不存在,或者它将取代现有的半球。创建一个新的图也可以帮助你弄乱的东西,或者遇到了一个错误,只是想重新设置可视化,而无需重新加载所有的覆盖和覆盖设置重新编程。

的样子,如果我们在同一个fsaverage模板加载一个半球,修补新图的左半球和右半球现有的图。

如果你发现自己有很多旧BrainSurfer补丁数据躺在你的桌面(因为你修补新数据),或者如果你使用MATLAB生成其他数据而BrainSurfer打开后,你会发现你的屏幕凌乱。删除所有数据在MATLAB目前没有被修补BrainSurfer去文件- - >删除所有数据除积极BrainSurfer修补。

你面对下一个选项是是否你想要加载的模板,或选择自己的补丁文件。如果你选择自己的表面文件(s),您将需要手动附加形态数据对他们使用文件菜单选项“负载沟/脑回”。如果你走下fs_LR模板选择路径,你会发现更多的表面比fsaverage模板可供选择。BrainSurfer确实也有或多或少地膨胀fsaverage模板的版本,但没有专门的按钮来自动加载它们(见。/大脑目录中的文件)。如果你想快速加载一些其他版本的fsaverage模板,GUI拯救国家你这样做的。/ saveStates目录。

最后你必须选择你是否想补丁一个半球的模板选择,或两个半球。如果你只选择一个半球,后来改变主意,您总是可以回到和加载另一个半球表面现有的图。

最后一件事——加载模板花了一些时间!这是因为当你在一个模板,加载BrainSurfer会自动加载在一个图集。两个模板的默认地图集是HCP MMP的1.0。除了自动加载地图册,BrainSurfer补丁,但关闭不透明度,这样你不能看到它。这种修补过程更新加载酒吧,你看到闪过主BrainSurfer GUI。修补通常不会花这么长的时间,但对阿特拉斯让后操作更有效率,我们现在花时间来识别每一个ROI的边界在阿特拉斯。如果你下来的阿特拉斯地区BrainSurfer把不透明,你就会看到atlas补丁出现在衬底之上。你可能也注意到“加载阿特拉斯:“与阿特拉斯地区已填写的名字。稍后我们将探讨atlas设置。

5。检查补丁

现在您已经加载在一个衬底可以询问不同的大脑区域中使用datacursor超然物外的人物。下面的视频所示点击任何顶点将至少提供的坐标和顶点ID datatip放在图。也因为我们有加载形态学数据,我们得到信息的价值datatip上的数据。如果我们选择覆盖(s),相同的信息会显示每个人都在这里。

我发现这非常有用。例如,我现在可以写下一个顶点id,然后检查它在地图加载到独立于BrainSurfer matlab工作区。但是请注意,顶点标识显示在BrainSurfer基于matlab索引,从0开始。排队顶点之间BrainSurfer和其他软件可能需要减去从顶点1 ID datacursor框所示。

datacursor的更有用的功能是能够看到ROI内地图册datatip相交。如果你有阿特拉斯含有标签,datacursor框告诉你的名字地区的阿特拉斯datatip下降。如果没有加载标签时,它将显示数据代表在阿特拉斯,这将是一个整数,你可以交叉引用对roi的列表(你知道这些数字的意思,对吧?)。还需要注意的是,当你拖动datacursor,该地区在datatip更新主BrainSurfer GUI,在阿特拉斯部分(参见“地区去年数据提示:)。

您还可以使用旋转工具旋转表面补丁。

你可以改变视图的补丁,使用预定的视角或自己的角(访问该菜单使用视图菜单顶部,或右击一个大脑的按钮在覆盖选择部分。每个按钮的GUI工具提示显示了如果你鼠标经过它。如果你看到一个注意右键单击该按钮,这意味着有一个上下文菜单,右键单击触发。视角的话题,大部分BrainSurfer假定你的大脑不平坦,并会自动调整视角基于半球你编辑的补丁。这是方便的,除非你有一个平面地图加载。如果您正在使用平坦的地图,你会发现一些按钮点击后平面地图有时会“消失”。让他们“返回”,手动选择下查看。

当前照明的补丁是基于一些我喜欢的默认设置。如果你不喜欢它们,仍然有一个微不足道的方式改变他们。只是找到。/脚本/ defaultLights。txt文件并更改,您想添加的角灯。你可以有你想要的。注意BrainSurfer读取这个当你第一次开始,所以如果你改变这一切,你需要重启BrainSurfer。

如果您导航到的限制部分外观设置,您可以检查值的分布提供衬底,你在一些形态学数据加载。注意标签左边衬底和覆盖。每个外观设置面板分为设置覆盖衬底和设置。在很多地方,你会看到同样的设置/按钮选择所以确保你点击正确的标签之前迫切的任何东西!为了尽量减少混淆,当一个衬底BrainSurfer加载默认显示倾斜设置在所有标签和当一个覆盖加载它默认显示覆盖设置。

你看到的栗色虚线直方图代表的限制设置的数据,和明亮的红色虚线代表的阈值。当这两种设置改变,这些线会被更新。当然,你可以放大直方图和matlab做任何其他的事情会让你在一个图。

6。手动加载一个表面

的样子,当你选择手动加载一个表面并不是自动装载一个,就像我们刚才做的fsaverage模板。我会手动加载另一个模板,但是装在本机表面看起来相同。

你可以加载在两个文件。BrainSurfer假设一个文件是左半球和右半球的一个文件。在技术上你可以加载两个左右两个半球,但它将打破覆盖的工作方式(即。的大脑会被假定是正确的hemisphre你可能会修补左半球数据到右半球,等等)。

注意,半球不必有相同的形状,你可以加载与不同的形状(即覆盖。数量的顶点)。

你可以改变表面的颜色从默认灰色别的使用设置菜单- - >颜色- - >更改默认的表面颜色。表面颜色不会真正重要如果你最终加载在形态学数据,覆盖整个表面。请注意,如果你改变这个设置,任何未来的表面加载默认这个颜色(重置回灰色一旦BrainSurfer关闭)。

7所示。手动添加表面形态数据

你现在可以添加形态学数据到一个或多个半球你加载。如果你装载在两个半球,你仍然可以添加只有一个半球的形态学信息,如果你想要的。提醒一下,BrainSurfer假定形态数据信息沟/脑回,但你可以加载其他的东西。

这里,我展示的这种信息fsaverage表面来说明它会不同,如果你在这个模板自动加载。这是因为高值? h。曲线文件意味着沟(他们曲线!),通常我们会认为更高的价值在你的沟的/旋转的文件将映射到脑回。有一个简单的方法来解决这个配色方案。刚刚进入colormap settings选项卡(确保你在左边的衬底子)和切换反色。这将翻转colormap相关补丁包含沟的/旋转的信息。

8。加载覆盖

加载覆盖非常简单,只需选择负载覆盖在文件菜单,然后选择尽可能多的覆盖你想加载到BrainSurfer的列表框。负载覆盖时,形态文件或地图你会发现BrainSurfer印刷一些文本MATLAB命令窗口。你可以忽略它,这主要是捕捉文件加载错误的,以防你遇到的问题。BrainSurfer使用消除的过程来确定你通过捕捉语句的一个严重的文件类型。当加载CIFTI文件,其中包含的信息在两个半球,你会注意到BrainSurfer将单独的半球和生成两个列表框覆盖。每一种覆盖名称将appeneded”(?)半)“就像下面的视频所示(我使用fs_LR非常膨胀的模板)

9。将体积空间叠加到一个模板

这部分有点长,我知道,对不起!BrainSurfer确实很多东西时自动投射表面文件所以我想确保文档是做什么如果你需要参考它。

警告:体积空间地图应该预计纯粹用于可视化,可能不准确。最准确的体积- - >表面投影方法将始终涉及到注册个人主题直接使用球形对齐。我建议在这纸和这论文为进一步的信息。预测是在这种情况下使用注册困难或不可能(例如,将报道MNI坐标注册表面模板,没有访问subject-level解剖信息,等等)。

项目体积空间叠加到一个表面模板,简单地加载在一个体积的空间文件加载后表面模板(例如,fsaverage或fs_LR)你想项目这个文件。假设在MNI_152空间体积空间文件,它包含两个半球的信息。因此,一个卷空间文件将生成两个覆盖——左半球和右半球覆盖。BrainSurfer项目空间数据量到fsaverage模板首先使用注册融合方法documentated:吴J,非政府组织GH, Greve DN,李J, T, B费施尔Eickhoff某人,杨井下电视。准确MNI体积之间的非线性映射和FreeSurfer表面坐标系统,人类大脑映射39:3793 - 3808,2018。代码过程与BrainSurfer重新分配,但可以找到在这里。如果加载的衬底是fs_LR模板,BrainSurfer将使用连接体工作台fsaverage数据投射到fs_LR模板。

你会注意到在这个投影过程中每一步生成一系列的输出文件。如果你把体积空间——> fsaverage > fs_LR,您将看到新的fsaverage和fs_LR无论目录中的文件原始卷空间文件。这些附加的特殊字符串。例如,如果加载nifti Visuospatial_network_binarized_IMPORT_ME_FROM_MNI.nii文件”。广州”(包含在。/ brainMapsforTesting)并选择“unthresholded”选项时,出现一个对话框在BrainSurfer(我们会回到这个),您将看到BrainSurfer生成两个fsaverage文件附加“? H_RF_ANTs_MNI152_to_fsaverage.nii。广州”,每个半球。这些是唯一的文件,如果我们有一个生产fsaverage衬底。因为我们有一个fs_LR衬底你也会注意到BrainSurfer创建了两个文件相同的名称作为fsaverage预测,但在gifti文件格式。这些文件仍然在fsaverage空间,但gifti文件所需的连接体工作台,这就是为什么我们创造了它们。我发现它有用non-BrainSurfer原因周围这些文件,但是你可以删除它们,如果你要求空间,因为它们中包含的数据是多余的。最后一组的文件会产生投射到fs_LR模板并将附加以下字符串:“to_fs_LR.gii”

现在让我们回到BrainSurfer转换选项你看到弹出。这些不同的策略是我实现了投影体积空间的文件。理想情况下,文件我们正在努力项目包含在每个体素值,在这种情况下,我们可以继续的标准投影管道有效平均所有的值在一组映射到一个顶点的体素。这一战略由“untresholded”执行转换选项,我们选择使用。

但是有一个问题用这种方法上下文中的体积空间阈值的映射,如网络我们要项目。由于投影需要将采样,一些顶点总是会映射到体素,都是低于阈值(即。,空体积的空间),高于阈值。这可能导致顶点分配平均强度低于实际阈值被用来限制体积的数据空间。这就是为什么我们刚刚创建的投影值包含除了1(体积空间的视觉空间的网络关键地图我们试图项目)。

一个策略我们可以用来预测阈值地图是创建一个二进制的面具生存阈值的像素点(任何不是零)和体素不生存阈值(0)。我们可以这两个面具投射到表面,以了解哪些顶点映射到更强烈的生存阈值的像素点。掩蔽的顶点投影数据映射到更强烈的体素,生存阈值确保表面投影更忠实地代表了应用于空间数据量阈值。这一战略执行,如果选择“阈值地图”选项,将提示您一些额外的选项。你可以保留这些选项为空默认值,这在我看来是最好的移动。改变这些值将控制你的面具多少“平滑”在表面空间为了延长面具边界。这不是超级直观和将被固定到一个选项,选择多少相邻顶点扩展或收缩面具边界。如果你使用这个投影策略,你会发现额外的文件被创建,包括预测每个面具到fsaverage模板(附加字符串“VALS_MASK_RF_ANTs_MNI152_to_fsaverage_ ? H.nii.gz”)。最后预测将有一个稍微不同的比生成的文件名“unthresholded”选项(附加字符串“SURFACE_MASKED_0_SMOOTHING_STEPS_WITH_0_REPS_RF_ANTs_MNI152_to_fsaverage_ ? H.nii.gz”)。

的投影结果“阈值”转换选项最合理的方式将一个关键网络。但是让我们探索最后一个转换策略,这个适合转换地图contatins体积空间中相邻的roi。在这种情况下,使用“阈值”转换选项没有多大意义,因为它将导致roi之间模糊的界限在表面空间(即。,会有连续的值而不是整数)。在这种情况下,我们希望使用类似的屏蔽策略,但这一次为了理解的多个roi地图更强烈到每个顶点。这一战略实施的“投资回报率”转换选项创建一个单独的行为的关键图中每一个ROI体积空间,项目每个映射到表面,然后执行一个顶点分配操作基于ROI生成每个顶点上的最高价值。当你选择这个选项给出权重分配给每个ROI的可能性。重量是0或1,1 s偏好在赢家通吃的赋值操作。向量中的索引的重量你供应应该匹配整数ROI的体积空间(即地图。,第二个向量的数量应该与ROI赋值2的体积空间地图)。在大多数情况下,你应该离开这个盒子为默认值(即空白。,没有ROI偏好)。再一次,这个策略的输出文件将被命名为略有不同。 Now you will see fsaverage files appended as "CombinedClusters_FSSpace_LH.nii.gz" and additional confidence files appended as "CombinedClusters_Confidence_FSSpace_LH.nii.gz". The confidence files retain information about what the projected values were for the winning ROI at each vertex. This allows you to inspect what percentage of voxels that got assigned a particular ROI at a given vertex actually belonged to that ROI.

下面的视频展示了所有这三个投影策略是什么样子visuosptial网络提供的。/ brainMapsforTesting

一个需要注意的重要的事情是,BrainSurfer不fsaverage之间自动转换覆盖或fs_LR模板。也就是说,如果你想一个fsaverage文件加载到fs_LR模板,或者一个fs_LR文件到一个fsaverage模板,BrainSurfer不会自动转换数据,并将生成一个错误。相反,您必须使用适当的转换菜单选项转换您的文件,然后在文件菜单加载载荷叠加新的预测。

10。阈值衬底/覆盖

的一个最基本的外观设置,你可以改变选择一个范围的值在一个覆盖/衬底从修补排除。这个选项可以找到数据分类的外观设置。设置一个阈值可以使用低和上限的盒子,或者通过拖动红色圆圈在数轴上其他位置,创建的值将被排除在外。注意,如果一个或两个可拖动的圈是数轴外,你可以将他们带回通过手动改变上下极限。这个数字线生成基于已设置的上限和下限限制类别的外观设置。默认情况下,这些设置值的最大值和最小值的选择覆盖/衬底。如果你想跟随视频在接下来的几节中,我使用MNI_CO_TTest_posneg_PCorrected0.001.nii_RF_ANTs_MNI152_orig_to_fsaverage_LH.nii。广州地图。/ brainMapsforTesting目录。

如果你回来后外观设置的限制类别改变阈值,您将会看到明亮的红色竖线更新以反映新的阈值设置。

11。改变值在衬底/覆盖

数据类别的外观设置允许你改变的值覆盖或衬底。“原始”下拉菜单中的值指的是原始值的地图加载。其他选项将允许你规模或正常化之前这些值阈值适用于他们。有选项提供了执行这些操作在所有的数据覆盖indiscriminantly,或单独正面和负面的价值在你的覆盖。

值得一提的是,有一个特殊的右键单击选项面板覆盖上可用版本的价值。右键单击下拉菜单中,重新分配的价值在去年datatip当前选中的叠加。这将找到覆盖的所有实例的值被datatip,和重写他们任何你选择数量。这可以方便改变ROI颜色和创建ROI的地图。

还有很多其他的快速设置你可以玩同样的面板。这里的切换开关可以删除覆盖/衬底正面和负面的值你修补。“0”开关控制块中的零值是否可视化。这是覆盖默认设置为“关闭”,因为它是假定你要阈值这些类型的地图,其中包括一些顶点分配0,你会想要隐藏的可视化覆盖补丁。衬底,零开关默认设置为“on”,因为它是假定形态数据加载是连续和覆盖整个表面。

如果你想返回到原始数据加载时,你可以按刷新按钮在右下角这个面板的一部分。覆盖,重新加载也可以使用右上角按钮执行覆盖选择部分的GUI。

12。Binarizing形态数据

创建二进制沟和脑回形态数据,导航到“binarize值”部分数据分类的外观设置(衬底选项卡)。如果开关切换,一切高于阈值框中设置的阈值将被认为是脑回(白色),下面,一切都将被视为沟(黑色)。这些颜色会由两个颜色的矩形表示。这些矩形作为按钮你可以重新定义这些颜色通过单击适当的矩形和选择要分配的新颜色。

如果你右键点击这两个盒子你可以使用一些默认的沟和脑回的颜色我很喜欢。

你也可以交换颜色为沟组和脑回。

注意,BrainSurfer自动假设最黑暗的颜色non-binarized形态学数据指沟,最轻的脑回。这种假设决定违约沟/脑回binarizing时颜色映射到表面。

13。改变衬底透明

在外表上的透明面板数据类别设置(衬底选项卡)允许你关掉整个衬底的透明度(表面和形态学数据)而不影响透明度的叠加。

它还允许您隐藏整个半球,包括任何覆盖补丁。这个按钮将切换回半球。覆盖的两个大脑按钮选择区执行相同的功能。

14。集群阈值覆盖

覆盖,集群可以设定一个阈值,将删除任何相邻顶点以上一些阈值大小。你可以设置这样一个阈值使用滑块或盒子中包含集群门槛面板(覆盖选项卡;数据类别的外观设置)。您可能已经注意到,修补你的地图需要一点额外的时间。那是因为我们需要识别集群在你的地图。每当这个集群的过程被触发,集群中的集群将被填充的信息选项卡的外观设置。对于这些下一个视频,我仍然使用MNI_CO_TTest_posneg_PCorrected0.001.nii_RF_ANTs_MNI152_orig_to_fsaverage_LH.nii。广州地图。

如果你想获得集群实际上没有删除任何集群的信息,只是将集群阈值设置为1点。在集群选项卡中可以看到一个条形图,其中包含每个集群的大小你的地图。条形图,下面有一个峰值点的表显示一些信息在每个集群(基于您所选择的值覆盖):顶点ID、顶点的坐标,集群规模,集群内的峰值和平均值在所有顶点的集群。如果你想想象的平均或最大价值为每个集群的集群大小,您可以使用下拉菜单右上角的选项卡。下面这个下拉菜单,有一个“保存表”按钮,可以用来写条形图下面的表你看到到一个文本文件。

您还可以看到,这个选项卡包含一个按钮,列表可以执行的行动在过去datatip放在补丁。这些选项允许您删除集群datatip,或者只保留集群。你也可以改变的值分配给集群覆盖(请注意,这将适用于集群中的所有顶点),或者只是改变集群的颜色,因为它是目前可视化(这是唯一的改变不会持久)。可以使用的选项删除集群即使多个覆盖已选中。

专家提示:如果您需要创建一个新的叠加相结合一些集群从覆盖大量的集群,您可以根据需要多次重复你的覆盖,使用“删除所有集群除了”按钮获得一个单独的覆盖每个集群你想结合,然后结合这些集群/覆盖到一个叠加使用操作- - >菜单选项。

15。基于假定值的阈值覆盖

您可以设置为覆盖两个阈值。一个代表一个范围的值在修补时忽略。另一个代表一个假定值阈值基于地图加载的假定值。这张地图可以来自任何覆盖可以来自文件类型。加载这样的地图导航到数据类别,寻找假定值面板(覆盖选项卡)。

这个小组也给了你选择的弗兰克-威廉姆斯纠正你的假定值使用罗斯福(q < 0.05)或bonferroni。

16。改变衬底/覆盖的局限性

我们花了一些时间限制选项卡的外观设置,但我们还没有谈到了限制,这将覆盖默认的最小和最大价值。这些限制控制价值所在的两端colorbar你看到你的补丁的右边。

顺便说一下,你可以切换的可见性叠加colorbar去设置- - >颜色- - > colorbar能见度- - >菜单。还有其他一些技巧在这个colorbar菜单,包括翻转colorbar所以谎言的能力水平低于补丁(设置- - >颜色- > colorbar - >方向),而不是垂直的右边。

17所示。Colormaps和外表

你看到的叠加colorbar建立基于colormap设置选择的选项卡。这个选项卡也是包括一些更复杂的操作,可以进行覆盖映射。

顶部的下拉菜单允许您选择从不同的colormaps。这些地图与BrainSurfer包装(见附件部分),但你也可以创建自己的colormaps并将它们添加到。/ colormaps目录BrainSurfer在启动时加载它们。这些colormaps年底会出现下拉菜单。第二个下拉菜单允许你改变什么值将分配给colorbar的中点。如果你有积极的和消极的值覆盖,你正在与一个colormap有很多颜色的多样性,是有意义的力量的中点或中心colorbar映射到0。如果你有阈值集,你甚至可能想让中点映射到任何你选择的阈值。如果情况并非如此,您可能希望忽略中点或中心,和值均匀地扩散到整个colorbar,基于你设置的限制。这是默认选项。

您还可以控制有多少箱子colormap / colorbar。这个决定有多少值将沿着colorbar你看到。这个小组也给你选择快速反转颜色colorbar,和改变不透明度的叠加。

方便的创建新colormaps BrainSurfer可以用来召唤一个次要GUI colormap创造去设置- - >颜色- - >创建colormap。首先,选择一个colormap作为一个起点从顶部下拉菜单。这将包含相同的colormaps可用在主GUI。一旦你这样做,你应该看到一个colorbar弹出。你现在可以改变最左边的,右边的,或者在这colorbar中间的颜色。这三个点之间的颜色将被自动插入。要做到这一点,选择这三个点你想改变使用收音机开关,然后把三个r / g / b滑动条,直到你提出你想要的颜色作为替代。注意,滑块更新广场右边图像的颜色,让你预览颜色colorbar分配。一旦你选定了一个你喜欢的颜色,单击“更新栏”按钮分配colorbar。如果你想颜色忽略中间的插值,翻转切换“包括插值中间”。 You can now use the two buttons on the bottom of this GUI to save your colormap. If you press "save colormap", the colormap will be written to the ./colormap folder and immediately loaded into BrainSurfer where you can now select it as the colormap for an overlay or an underlay. If you press "save colormap and apply to currently selected overlay" the new colormap will be saved and immediately applied to the overlay currently selected in BrainSurfer.

请注意,下面的视频展示了一个稍微不同的colormap创造者GUI布局比哪个BrainSurfer的最新版本。主要按钮刚刚重新安排,所以你应该能够浏览在这个新的GUI没有太多的麻烦。然而,新的GUI并附带一些额外的选项卡,给你一个更灵活地创建colormaps。而不是一个连续的插值的两个端点和一个中点之间的颜色,您现在可以组合两个现有colormaps,让你有更高的对比度colorbar中间(有效允许两个中点)。

返回之前的其他设置colormap标签覆盖在外观设置,让这个选项卡切换到衬底的版本。尽管衬底的colorbar不是显示在任何地方,你仍然可以改变其设置在这里。额外的选项你看到的这个小组失踪的覆盖版本,因为它们涉及执行操作,并不真正意义的形态学数据,如转换阈值映射到roi。注意,这里的不透明度设置需要一段时间来执行,这只会影响倾斜设置。

现在让我们回到这个面板的覆盖版本,仔细看看我们跳过的设置。大纲下拉菜单让你选择创建一个轮廓/大纲在整个覆盖,你看到的补丁(“地图”选项),或者创建一个轮廓图中的每个ROI(“投资回报率”选项)。后者选项将正常工作,如果你的地图只包含整数对应的roi。否则,如果您选择了“地图”选项下拉菜单,BrainSurfer将确定每个集群在你的覆盖和大纲/逐个轮廓。每个集群的轮廓被分配一个值:集群的平均值在所有顶点。

增长/减少设置(可以使用滑块或框设置)允许您增长或萎缩的覆盖一定量的相邻的顶点。如果提供了积极的价值叠加将增长,但如果提供了负值将缩小。新顶点覆盖扩展到被分配一个值是基于他们的邻居(平均)。注意,覆盖colormap设置也有设置不透明度和改变箱子。

增长/减少设置工作有点不同,如果覆盖已列出。正值生长外轮廓为顶点不属于原覆盖(即。之前,列出)。因为大纲或边界这样不能缩小,负值将大纲向内生长到顶点,属于原始的叠加(之前,列出)。

最后设置在这个colormap标签给你选择binarize覆盖。你可以binarize全覆盖,分配一个值:1。或者,你也可以binarize分开每个集群的叠加,给它分配一个整数值根据其指数叠加在集群列表中。这个选项,将连续值的映射转换为roi的地图,可以用来创建自己的地图册。

18岁。平滑

您可以使用光滑光滑的衬底和覆盖选项卡。这是唯一的标签不包含个人标签覆盖和衬底只是因为这里有很少设置来修补。

平滑操作相同的覆盖和衬底。对于每个顶点,最近的n顶点的值将平均m乘以,n是设定的区域框和m框设置的步骤。一个开关按钮还允许您限制社区定义只有那些顶点生存阈值,或所有顶点覆盖。当所有顶点被认为是社区的一部分,任何顶点之外的阈值基于邻域平均分配值。平滑不会发生,直到平滑按钮被按下。这是一个可以“unpressed”状态按钮,返回覆盖到原来的状态,或者至少在平滑。

注意,平滑覆盖了不会工作。

19所示。选择多个覆盖

显示多个覆盖一样简单的命令或shift-clicking (ctrl在windows上)中的多个覆盖列表框。虽然没有之前提到的,值得注意的是,选择“不覆盖”将只显示衬底的数据没有任何覆盖修补。

覆盖通常会出现在它们的顺序修补,除非他们有不同的幻灯片,在这种情况下,覆盖更透明总是出现在上面。一个matlab bug补丁功能相关,您应该知道的是,如果你有多个补丁上彼此的至少部分是透明的,而不是混合的颜色,重叠覆盖的地方只会显示哪个补丁。这并不是一个错误,但补丁修复这涉及的看起来非常可怕,所以我拒绝去做。显示两个重叠覆盖,覆盖应该1的不透明度。如果你想显示三个或更多覆盖,所有这些显示重叠,我建议列出一些覆盖改善可视化的可解释性。

注意多个彩色绘制多个覆盖时修补。如果彩色入侵到补丁,只需调整补丁图。相反,有时可以帮助更多的使它小于enlargening它。

还要注意,当多个彩色绘制,每个colorbar与叠加显示标题根据它所属的叠加。如果你想关掉这些标题(如截屏),去设置- - >颜色- - > colorbar - - >标题。也有可能改变之间的间距会拉近他们之间的距离或多个彩色远去设置- - >颜色- - > colorbar - - >改变间距。

如果你的限制选项卡导航到外观设置,你会发现现在有多个强度直方图绘制,每个覆盖一个补丁。

当选择多个覆盖时,你将无法调整覆盖大部分外观设置,但是还有很多其他的功能和设置,您仍然可以使用,包括按钮旁边覆盖选择区。

20.覆盖选择按钮

这些按钮提供快速访问高度使用的功能。例如,顶部按钮左边移动覆盖已选中列表框内向上或向下。在右上角刷新按钮重新加载一个看中叠加状态当你第一次加载它。

在左端三个按钮控制通用可视化属性。例如,两个大脑按钮切换相应的补丁,半球的可见性和手电筒照明按钮切换补丁。所有这三个按钮选择将工作即使多个覆盖。大脑右击按钮将允许您改变视角。

右侧中间的三个按钮是用于操纵覆盖。按钮顶部的三个副本的设置在一个覆盖其他覆盖,选择任何号码中间按钮复制一个覆盖被选中,和面具按钮使用当前选中的叠加来掩盖任何数量的其他覆盖。紧迫的顶部或底部的三个按钮将召唤第二个列表框包含所有BrainSurfer覆盖的,所以你可以选择你想要的所有覆盖的数据复制到/面具。在列表框复制设置,您将看到几个复选框,可以用来控制设置不被复制。

我错过了蒙版按钮在上面的视频中,这是一个演示了这个按钮是如何工作的。

右下角的按钮删除所有的覆盖已选中。如果你右击这个按钮,你可以召唤第二个列表框选择要删除的覆盖,或者你也可以删除你加载的所有覆盖。

相机按钮左下角需要截图。如果你单击左键将一个截图的图和你的补丁,就像你现在看到它。截图后,另一个用来生成一个matlab脚本将使用裁剪的图像补丁的大脑部分(例如,紧紧的在大脑和排除colorbar)。这个文件将附加“裁剪”。右点击相机按钮带来更有用的方式采取截图。例如,您可以有BrainSurfer去每个观看位置的视图设置和每个视图的屏幕截图(你会选择文件名,但每个截图将附加“横向”,等;裁剪图像仍将生成)。你也可以让BrainSurfer执行这些类型的标准化截图每个视图的每一个覆盖加载,或者仅仅是一个选择的覆盖(由二级列表框选择发生)。

注意,现在似乎有一个错误,如果你有一个水平colorbar可见,裁剪图像未必总是正确的。还请注意,如果你是可视化图谱轮廓种植可能会失败,因为大纲可以打破(即最大的连接组件。,大脑)。

你也可以改变字体大小的叠加选择列表框,修剪覆盖名称的长度显示在列表框中,甚至重命名覆盖叠加选择点击列表框。

21。操作

操作菜单添加一些更多的选择操纵覆盖,但主要是补充的方式创造新的。按这些按钮将召唤一个二级列表框选择所有覆盖你希望你选择执行的操作。前两个操作选项可用于覆盖的绝对值,并覆盖乘以1为了翻转正面和负面的价值。剩下的选项将创建一个新的覆盖,并将它添加到列表框。新的覆盖将基于增加,平均,或采取覆盖的标准偏差在二级列表框中选择。

22。地图集

BrainSurfer的图集部分用于负载在地图册,并控制自己的外表。有关更多信息,请参见前面关于加载地图册(例如,什么样的文件类型是兼容的,等等)。当一个加载地图,补丁是持久的,像一个衬底片。默认情况下,当一个地图加载它的不透明度设置为0,这样它不会从其他数据分散你想补丁。在下面的视频中你可以看到,大多数的外观设置相同的外观设置时,我们已经覆盖了看覆盖和衬底。这里的主要区别是,概述了阿特拉斯的修补以不同的方式比轮廓的衬底和覆盖,以确保阿特拉斯将永远出现在所有其他的补丁,即使其透明度是拒绝了。另一个区别是,它没有太多的意义地图册,所以你只会增加地图册的轮廓。节省时间计算,阿特拉斯轮廓的方式种植处理有点不同。不久的即时贴的价格变化是阿特拉斯轮廓不能缩小覆盖/衬底轮廓。唯一的新设置是atlas colorbar切换的能力,这也是默认隐藏。

这里也有一些隐藏的上下文菜单。如果你点击章节最后datatip显示区域,它会弹出选择这个区域提取到一个新的包裹,您可以选择从列表框。

您可以右键单击这两个下拉菜单的阿特拉斯colorbar随机颜色,试图导入默认颜色从你的阿特拉斯如果他们可以在cifti或注释文件,并保存当前colorbar。当试图让相邻的roi“流行”的颜色我建议使用感知不同的colormap,设计等,每个添加颜色是不同于其他人。虽然这有助于可视化roi和地图集,它仍然是可能的,两个相邻区域分配相似的颜色。在这些情况下洗牌colormap的颜色是有帮助的。选择保存atlas colormap有如果你喜欢一个特定的洗牌和方法希望能够重新加载它其他一些时间。注意,目前不可能使用默认颜色从一个地图文件和轮廓的roi阿特拉斯在同一时间。

BrainSurfer带有许多地图集都存储在。/地图册目录所以你可以加载其他如果默认HCP MMP 1.0阿特拉斯的不是你杯茶。总共有3个地图集提供给你。MMP 1.0和Harvard-Oxford文件名(缩写HO)地图册是唯一被投射到fsaverage和fs_LR模板。注意,何氏atlas建于体积的空间。由预测转化为fsaverage空间中的每个区域定义的概率阿特拉斯(从MNI_152) fsaverage模板,然后找到强烈的区域映射到每个顶点。HCP的投射工具被用来重新取样的atlas fs_LR模板。同样的工具被用来重新取样HCP MMP 1.0 atlas fsaverage模板。几个版本的Destrieux阿特拉斯与BrainSurfer打包,但是不被重新取样fs_LR模板。你可以试着这样做如果你需要这个,但我想这不会是值得的,因为大多数科目,可以从下载HCP subject-level Destrieux注释文件。如果你感到困惑的地图文件打包与BrainSurfer可以用于表面模板,参见下面的笔记。

• HCP_MMP1_fsaverage_ ? .nii。广州,HCP_MMP1_fsaverage。txt:这是一个1.0版本的HCP MMP的阿特拉斯在fsaverage空间,保存为两个nifti-1文件(一个为每个半球)和一个标签的文本文件。这个版本的这个地图集只是包装与展示如何nifti-1 BrainSurfer存储地图数据文件可以用于BrainSurfer阅读。
• HCP_MMP1.32k_fs_ ? .dlabel。nii:这是原始HCP MMP 1.0阿特拉斯,在fs_LR空间,保存为两个CIFTI文件。
• HO_FSSpace_ ? H。annot:这是一个版本fsaverage Harvard-Oxford阿特拉斯的空间,存储为两个注释文件。
• HO_FSSpace_to_fs_LR。nii:这是fs_LR Harvard-Oxford阿特拉斯的空间,存储为一个CIFTI文件。
• 何鸿燊。xml:这是一个xml文件包含标签Harvard-Oxford地图集。这是作为一个示例xml文件应该如何为了BrainSurfer能够阅读(参见前面的地图册在一开始本教程/手册关于xml索引的更多信息)
• ? h.aparc.a2005s。annot h.aparc ?。a2009s.annot, ?h.aparc.annot : Destrieux atlas in fsaverage space, saved as an annotation file.

最后,值得一提的是,如果你试图让错误补丁地图集,它可能意味着atlas你要比你想象的补丁对齐到一个不同的模板。目前,BrainSurfer不阻止你加载一个图集,不匹配的衬底(即加载。,阿特拉斯可以有不同数量的顶点)。

23。保存数据

BrainSurfer的一个有用的特性是它允许你保存一个覆盖,加载到任何文件类型兼容。这意味着您可以加载一个gifti或nifti文件并将其保存为cifti,甚至freesurfer的形态、注释和标签的文件。你应该注意虽然freesurfer标签的文件是二进制,及其注释文件是基于颜色分配给每个顶点。如果你保存连续值的叠加一个注释文件,生成的地图加载会看起来是用更少的colormap垃圾箱。也很重要,一个覆盖保存到一个文件意味着任何阈值变化值(如缩放、规范化),平滑,集群或值编辑已经完成覆盖将被保存。保存一个叠加就导航到文件菜单- - >保存覆盖。这将召唤一个二次叠加选择列表框,可用于选择你想要的所有文件保存。

在下面的视频保存我们提取的阿特拉斯ROI的最后一步。BrainSurfer问我一个半球补丁文件保存到,因为自动生成文件名没有明确的引用一个半球。

你可能会遇到的一个问题是,BrainSurfer总是将CIFTI文件分为左、右半球覆盖(如果可用)。所以你会怎么做如果你加载一个CIFTI文件,改变两个覆盖它使BrainSurfer,然后想要保存更改吗?不幸的是,你必须单独保存每个两覆盖CIFTI文件。然而,在保存他们,你可以将它们合并到一个文件中使用文件中的选项- - >保存CIFTI文件结合起来。

你也可以保存和加载GUI。这是不言自明的,但它只是节省BrainSurfer一样现在的覆盖加载和设置设置,等等。你可以与用户分享GUI州没有访问同一个文件,用于生成你的国家,和那些用户仍然能够想象的所有覆盖如何设置。加载和保存GUI,看到文件菜单。我们即将触及复杂覆盖在本教程中我们借此机会加载保存状态我已经和BrainSurfer分布,是为了提供一个例子设置不同的复杂的覆盖(. / saveStates / example3D.mat)。

注意BrainSurfer附带其他保存状态快速加载fsaverage模板以外的版本使用GUI按钮时被自动生成。

为了节省一些内存,有几个按钮BrainSurfer产生影响,要么不保存,或保存在粗糙的方式。例如,如果你手动更改集群内部覆盖的颜色,这种变化不是永久保存,不能保存到任何文件。此外,您不能保存更改覆盖colorbar取向GUI保存状态。也有可能,如果你加载一个GUI保存状态自定义的关键沟的/旋转的颜色你将不得不反转颜色匹配原始的可视化。最后,您可以手动告诉BrainSurfer使用默认颜色地图册如果从原始可视化atlas颜色不匹配加载保存状态。注意地图册,加载的加载GUI保存状态函数默认情况下(即“关闭”。不透明度为0,colorbar隐藏)。

24。复杂的覆盖

你能做最精致的事情在BrainSurfer是建立一个复杂的叠加。这是一个补丁,在某种程度上代表了来自多个重叠的数据。你可以找到该地区复杂的覆盖选项卡的外观设置。在该标签页,你会发现三个子设置不同类型的复杂的覆盖。对于任何选择覆盖,您可以设置一个2 d或3 d覆盖,但不能两者兼得。你可以调节透明度的叠加,其中包括2 d或3 d覆盖。你可以选择多个覆盖补丁1 d, 2 d或3 d覆盖设置,允许您添加了覆盖或其他地区覆盖的2 d或3 d覆盖。请注意,当你有修补一个复杂的叠加,你不能改变其他外观设置。你不能改变任何设置将从GUI消失。

尝试加载唯一拯救国家提供BrainSurfer跟着视频在这一节中,并设置复杂的覆盖去摆弄它。

我,透明度调制覆盖

最简单的三个复杂覆盖设置透明度调制覆盖。在这里可以调节透明度值在当前选中的每个顶点覆盖其他覆盖您已经加载。您可以使用下拉菜单中选择将用于执行的叠加调制。你做出这个选择你会注意到叠加后得到更新的补丁和二维colormap出现在透明度调制子。二维colormap表示BrainSurfer如何分配透明度值每个顶点的选择/补丁覆盖。任何顶点的选择/补丁覆盖,透明度值在0和1之间分配是基于相同的顶点的值的调制覆盖落在一个线性间隔一行。这条线是由1000点或“垃圾箱”和每一个点/ bin赋值躺调制的极限之间的叠加。不透明的最大值和最小值可以手动更改为其他比0和1使用适当的盒子在这个选项卡。调制叠加的极限也可以手动改变。默认情况下,BrainSurfer分离中的积极和消极值调制叠加和地图透明度为每个这些分别,因此只有值在零附近被视为不透明。 If instead you'd like BrainSurfer to consider all negative values to be more opaque and all positive values to be less opaque, you can switch the "separate pos/neg" toggle to "Off".

注意,如果您调节透明度的2 d或3 d地图,将没有colormap弹出的透明度调制选项卡。2 d地图,一个未来的更新将显示一个多维数据集在第三维度是白色的。对3 d地图我想不出一个好方法提供一个可视化表示的调制(必须4 d吗?送我的想法如果你有他们!)。

二世。2 d覆盖

建立一个2 d colormap非常相似的工作。事实上,你这里有更少的选项来修补。所有您需要做的就是选择任意两个覆盖,用于形成二维贴片使用两个下拉菜单。第一个覆盖的轴2 d colormap,第二个包裹将x轴。一个棘手的问题是,有可能建立一个二维叠加,不包含覆盖您选择。牢记这一点,因为下次你点击这个覆盖叠加选择列表框,它将repatch 2 d覆盖你设置它。对于3 d colormaps同样也是如此。

请注意,在上面的视频中,我们建立了一个2 d colormap后建立一个透明调制和新的2 d colormap仍调制我们先前选择的地图。设置2 d或3 d colormaps时,你会有更好的可视化如果没有阈值应用于覆盖,这符合我认为这个特性的效用——可视化表面之间的交互地图那里不是一个超级明确意义阈值可以设置(例如,组件从PCA和ICA地图,等等)。阈值的可视化地图时遭受越来越不重叠的地图,因为这是更有可能导致顶点映射在很远colormap广场边缘,这将创建补丁之间的鲜明对比的颜色。

如果你曾经在地图找到颜色太模糊,有几件事你可以做。如果你不想改变colormap,您可以拖动datacursor跨区域的表面,这将产生一个相应的datatip colormap。换句话说,你点击顶点的颜色变的datatip colormap所以你可以清楚地看到,顶点colormap瀑布。

但你也可以修改这个选项卡的两个按钮来提高可解释性。您可能已经注意到,2 d colormap之间是由插值的两个彩色的选择如果他们垂直位置(即覆盖。,沿着轴)。这生成最泥泞的2 d colormaps,但这意味着颜色与第二个地图成为colorbar脱离,成立的地图。插值的替代品之间的两个彩色的,是将第二colorbar水平(沿着x轴)和平均两个彩色的颜色。在大多数情况下,我发现默认选项BrainSurfer效果最好,因为它更有可能创建2 d colormap 4不同的象限,提高可解释性。但在某些情况下将二colorbar在x轴上可以给更好的结果。注意,这是一个状态按钮,你可以返回“松开”colormap正常。

你也可以试着旋转colormap。按“旋转颜色”把colormap顺时针方向旋转了90度。如果这一切都可以帮助你找到清晰的数据内的模式,我建议改变彩色与你选择的两个映射建立一个2 d colormap。

最后一个功能,我不会进入太多但只会提到的是,您可以使用第二个roi的地图创建一个二维散点图两个覆盖您选择这个补丁。这将提取的值落入roi的两个覆盖在其他覆盖,从这些值创建一个二维散点图。散点图帮助识别区域显示在一个覆盖比另一个更强的效果。

三世。3 d覆盖

3 d覆盖安装就像2 d覆盖,通过选择三种覆盖将用于生成复杂的叠加。注意到3 d的按钮覆盖灰色的因为我们只是设置一个2 d覆盖。使它们可用,我们应该消除复杂叠加通过设置下拉菜单之一“不覆盖”的2 d选项卡。这样做repatches原非复杂叠加,在列表框中选择(即。恢复的补丁,我们之前看到的我们设置二维叠加)。

你选择3覆盖后,您可能已经注意到,BrainSurfer发起了一项与一堆方块图,,这个数字最终被转移到colormap区域的三维复杂覆盖选项卡。每一个方块代表一个点在三维空间中,我们使用三个覆盖创建的。这些点的值是根据你设置的彩色分别为每个覆盖。每个数据集都有一个不同的颜色之间插入设置在其边缘的颜色:R, G, B, C、M、Y, K。你不能在这个colorcube改变颜色,因为他们已经精心挑选最大化尽可能不同的可解释性,使每条边(很容易产生重复的颜色时,设置自己的颜色为每条边)。一般来说,3 d colormaps更好看“立方体”或垃圾箱越多/尺寸。问题是我们必须修补这些多维数据集作为一个单独的对象,所以创建一个colormap 8 +方块需要一分钟。我注意到8块似乎是甜点,所以pregenerated被加载到一个3 d colormap BrainSurfer每当你设置colormap 8块。

您可能也注意到,每个多维数据集之间有空间让我们看到colormap深入。这是通过设计,您可以快速改变之间空格的数量,每个多维数据集通过改变数据集的大小。这种变化发生瞬间所以不要担心玩耍。

如果你努力解释补丁,拖一个datacursor立方体的大脑会突出一个顶点分为(类似于2 d colormaps)。colormap回到“正常”就右键点击任何按钮在这个3 d选项卡并单击“使立方体透明度制服”。

通过右击,您可能已经注意到的选项创建一个三维散点图使用一些roi。这是相同的功能可用2 d colormaps一样,你可以选择一个叠加的roi和提取所有值在这些roi的三个覆盖您选择创建3 d补丁。这三组值然后绘制三维散点图允许您是否roi地图比其他人的覆盖。

请注意,您还可以旋转colormap的颜色。这是通过旋转三个轴的颜色一个90或180度。对于一些补丁,开关在颜色的边缘colormap真的可以帮助改善可解释性。你也可以切换地图,落在每一个三轴colormap使用下拉菜单中。注意,当你旋转3 d colormap,由此产生的补丁将会持续,如果您点击其他覆盖并返回到一个包含3 d地图,旋转补丁将会再生。然而,旋转3 d colormap本身并不是持久的。点击返回,叠加会弹出一个默认non-rotated colormap不会匹配正确的补丁。这将是固定在以后的更新。

25。GUI的外观

你可以改变的背景图,其中包含您的补丁使用菜单设置- - >颜色——>改变背景的脑图。改变了颜色的背景不会导致任何问题生成裁剪图像采取截图的过程的一部分。

GUI本身的颜色可以改变。BrainSurfer可以设置为“黑暗”模式使用在黑暗GUI - - >设置- - >菜单模式。GUI设置为“光”模式将返回BrainSurfer默认pc -从- 80米色颜色方案。还有一个选项让BrainSurfer轻使用“上杉达也”模式(一切都变得白)。请注意,改变这种“模式”可能需要一两分钟。

改变黑暗模式等需要一段时间。

26岁。脚本和依赖关系

本节将很快更新更多的信息,包括如何使用脚本BrainSurfer呼吁没有GUI(即。在matlab,补丁等等)。注意,一些脚本文档是目前过时但将被更新,以反映BrainSurfer v1不久以后的更改。

BrainSurfer有依赖关系的数量,包装,由于慷慨的原始作者(不久)。我的知识,所有的修改和分发这个软件是免费的,和原来的许可证代码一起提供的。

1. GUI (brainSurfer.mlapp)组织的主要脚本变量传递给patchUnderlay。m和patchOverlay。m,处理大多数的辛勤工作。这些函数依赖于其他函数都是用。/脚本/补丁。您可以使用这些脚本。他们依靠MATLAB函数。

2. 大脑是用来生成预选的衬底在。/大脑。这些来自freesurfer和连接体工作台。新创建的colormaps, BrainSurfer将在启动时自动加载包含在。/ colormaps。按钮加载到GUI中可以找到。/按钮。如果你想测试一些地图BrainSurfer因为你没有你自己的,导航到。/ brainMapsforTesting。

3. 当BrainSurfer项目文件到表面空间从体积空间,它使用脚本。/脚本/导入/ Wu2017RegistrationFusion。这个投影使用注册融合方法documentated:吴J,非政府组织GH, Greve DN,李J, T, B费施尔Eickhoff某人,杨井下电视。准确MNI体积之间的非线性映射和FreeSurfer表面坐标系统,人类大脑映射39:3793 - 3808,2018。代码过程与BrainSurfer重新分配,但可以找到在这里。从我的经验,这种转换方法似乎产生更好的结果。如果你想实现/理解/尝试更多的传统方法体积和表面之间的转换空间,看到阿特拉斯变换教程NiftiMatlabTutorial存储库中。请注意注册策略数据由原始脚本。/ /导入的脚本。一定要仔细阅读他们所做的事情。

4. BrainSurfer使用代码打包freesurfer和连接体工作台加载/保存数据。相同的freesurfer代码也登记融合所使用的脚本。这些脚本提供了。/脚本/ FS。许可证可以找到脚本本身。注意:这些脚本中的一些已经轻轻编辑为了在Windows操作系统,而无需一个shell环境中工作(如负载nifti,拯救nifti)。

5. BrainSurfer colormaps烤在许多不同。可以找到所有的脚本生成这些colormaps。/脚本/颜色。中的脚本。/脚本/ cbrewer。/脚本/颜色/ MatPlotLib一样。/脚本/颜色/ cmocean。米都提供各自的许可证和帮助生成一些配色方案开始。脚本。/脚本/ colorscolorcubes。m帮助生成3 d colormap MATLAB编写的,但大量剪辑3 d数据映射到多维数据集。脚本。/脚本/颜色/ customColorMapInterp。颜色和生成colormaps间作插值。