生物信息学的工具箱

生物信息学的工具箱

Leggere,分析,可视化,数据基因组,蛋白质组学

Inizia奥拉:

根据新事物的顺序来分析

生物信息学工具箱,提供算法和技术的可视化,对数据进行分析和排序,对新世代(NGS)。我的工具箱同意di分析,内部genomi, eseguendo, al concono, dei calcoli, un livello di risoluzione, di coppia, di basi。È可能的usare il browser ng per visualizare e studiare gli allineamenti delle读取corte usando读取corte di tipo单端或配对端。È anche可能的costruire例行公事di analisi个性化,来插图忽视esempi che seguono。

保守的姿态,我的数据,我的顺序,我读corte

我设置了数据利用,根据分析,序列,新数据,新数据,新数据,大数据,根据记忆。生物信息学工具箱,生物信息学工具箱,生物信息学工具箱,生物信息学工具箱

L 'oggettoBioIndexedFile同意书,同意书,同意书,同意书,同意书,同意书,同意书,同意书,同意书,同意书,同意书,同意书。对于SAM, FASTA和FASTQ的特定应用,平面文件和格式的要求。

所以Nella架势BioMapVengono salvate informazioni dalle sequenze di reads corte, compresi gli header delle sequenze, le sequenze di reads, I punteggi di qualità e I dati relativi all 'allineamento e真主安拉mappatura rispetto AD un 'unica sequenza di riferimento。È可能的利用proprietà di oggetti e metodi per esploorare, accere,过滤器e manpolare i dati contentuti在unoggetto生物地图。

微阵列可视化数据分析

利用所获得的应用,可视化,分析和精心想象的资料。

归一化微阵列

È可能的usare多样化metodi每归一化i数据di微阵列,压缩la归一化低,德拉媒体全球,德拉deviazione媒体assoluta(疯狂)e la归一化分位数。在特定区域内的芯片和微阵列间应用问题。Le funzioni filtraggio e attribuzione consentono di puliere i dati grezzi prima di esguire Le analisi e Le routine di visualizione。

可视化的数据分析

生物信息学工具箱的同意di esesguire regazioni del背景,di calcolare i valori di pressione dei geni (set di sonde),一个partire dai dati, livello di sonda di microarray Affymetrix®鲁棒多阵列平均(RMA)和GC鲁棒多阵列平均(GCRMA)。È可能应用的二进制二进制循环数据阵列-模拟试验法光谱阵列più试验数据分析实验组微阵列。在più中,è可能的正态化的不变性的不变性intensità delle sonde per più文件CEL Affymetrix o sui valori di prespressione dei geni partire due condizioni experimental diversity。

Le routine specialtiche per la visualizazione dei dati dei microarray comprendono i volcano plot, i box plot, i grafici log-log, i grafici i re Le mappe di calore spaziali microarray。È anche可能的visualizzare degli ideomgrami con模式di -band。

Usando le routine di统计和机器学习工具箱™, è可能的分类分析,聚类分析K-means,在可视化统计中的微阵列数据的描述,来一个二维的集群图,映射di carlo, i grafici delle componententprinciple e gli alberi di classification。

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火山图在翠斯可视化微阵列significatività火山图在翠斯可视化微阵列火山图在翠斯可视化微阵列significatività火山图。

Analisi dei dati di分光法di massa

生物信息学工具箱,用于生物信息学分析,数据分析,光谱分析。初步鉴定真菌,分类鉴定资料SELDI, MALDI, LC/MS e GC/MS。在精加工前的菌体,线性化的菌体,在有数据的基础上的菌体。È anche可能的轨迹,数据,光谱,格雷齐,系统,程序,所有轨迹,速度,数据,LC, MS, GC, MS。È可能的esesguire il plottaggio di più同时代的景象。

Gli光谱所有,线性,直线归一化。Poi, grazie agmesumenti classificazione徒弟到统计,si所有人都有分类的个人,dei potenziali生物分类。

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分析代谢组学,蛋白质组学差异,senza etichette con生物信息工具箱。

对原貌的描摹,统计本体论的学徒

Teoria dei grafi e visualizazione

生物信息学工具箱同意应用图形基础矩阵稀疏。È可能的creare, visualizzare e manpolare grafi come le mappe di interazione, I grafici gerarchici I通路。Lo strumento agree di determinare e visualizzare i percorsi più不需要图画,验证我的图画不需要图画。

直观的统计

生物信息学工具箱的真菌,operano, sugli,算法,分类,学徒,统计统计和机器学习工具箱, tra cui:

  • 分类支持向量机(SVM) e k近邻
  • 基于组织实验的交叉验证和分类方法
  • 根据selezione delle特征的相互作用结构,la mappatura e la visualizazione di grafici gerarchici e途径
直观的统计。

直观的统计。

Ontologia genica

生物信息学工具箱,数据库,基因本体,MATLAB®, di analizzare I文件注释I本体论genica e di ottenere dei sottogruppi dell '本体论come gli antenati, I discendenti o I parenti。

Analisi delle序列

生物信息学工具箱,结构分析,可视化,数据测序,基因组,蛋白质组。È可能的svolgere多样化的tipologie di analisi,来gli allineamenti di sequize multiple e la costruzione, visualizzazione e manpolazione interattiva di alberi丝质遗传学。

Allineamento di sequze

Il toolbox mette a disposizione funzioni, oggetti e metodi per l 'analisi delle sequenze, comppreso l 'allineamento a coppie, multiplo e di profili di sequenze。园子温compresi:

  • 实现MATLAB算法标准的局部和全局排序,来l '算法di Needleman-Wunsch, Smith-Waterman和quello del模型nascosto di Markov
  • 多重进展
  • 在这段时间内,我将为你做一个简单的解释
  • 标准的母体,来的是母体之家
  • Calcolo delle序列一致的可视化的标志della sequenza

Esplora la galleria (3 immagini)

统计效用相对序列

Il工具箱同意di manipolare e分析是le专有序列按尊重più一个fondo i专有数据。E的可行性:

  • 转换序列的DNA和RNA序列的氨基酸序列与编码基因
  • 分析、统计、序列和特定的序列模式
  • 应用硅代测序法重条带化蛋白和消化蛋白测序法
  • 继发结构退化和最小自由能量序列RNA

可视化zazione delle序列

我的工具箱同意di可视化排序与修正。È可能的ottenere映射线性圈delle序列注释con特征GenBank。È可能的可视化i diagram delle结构次级序列RNA。计算结构的可视化的相互作用的一致的探索的修改的计算的顺序的多重的一个coppie。

细丝遗传分析

我的工具箱同意修改和遗传。È可能的calcolare le distance tra le coppie, tra sequenze di nucleotidi amminoacid allineate o meno, usando un 'ampia gamma di metriche di somiglianza, come juks - cantor, p-distance, align -score o un altro metodo definito dall 'utente。Gli alberi filogenetici vengono costruiti usando collegamenti gerarchici con tecniche多样化,来邻居加入,legame singolo e completo e UPGMA(未加权对组方法平均)。

在工具箱中,支持一种方法,一种方法,一种方法,一种方法,一种方法,一种方法。Lo strumento di visualizazione degli alberi filogenetici conte di potare, riordinare e rinominare i rami;Esplorare le distanze;leggere o scrivere文件格式di Newick。È anche可能使用gli strucmenti di annotazione disponibili在MATLAB中每creare alberi da presentazione。

ananisi delle caratteristiche delle蛋白

Il toolbox offre tecniche per analizzare le sequencing di protein,压缩delle routine per Il calcolo delle proprietà di una sequenza di peptide come la composizione dell 'atomo, Il punto iseletrico e Il peso molecular。È可能的测定,合成,氨基酸,序列,蛋白质,染色,染色,染色,染色,染色,染色,染色,染色,数据。È可能的usare il序列工具每vedere le proprietà di una sequenza di氨基酸分子查看器每visualizare e manpolare结构分子3D。

我的重要性,我的日期,分配,我的应用

格式文件访问数据库

È可能加入一个格式文件标准每I dati biologici,一个数据库在线或siti web。生物信息学工具箱同意di:

  • Leggere数据排序格式文件标准有FASTA, PDB和SCF
  • Leggere i dati dei microarray d格式文件来i文件Affymetrix DAT, EXP, CEL, CHP e CDF;数据分析ImaGene®;文件安捷伦®特征提取软件;文件GenePix®GPR e GAL
  • 莱格尔数据数据库在线来GenBank, EMBL, NCBI BLAST e PDB
  • 基因表达综合数据数据数据数据数据数据数据网络综合数据数据数据网络综合数据数据网络
  • Leggere信息,信息,信息,表意,表意,表意,表意,表意,表意,表意,表意,表意,表意,表意
  • 莱格尔代迪分光谱迪马萨达文件MZXML e JCAMP-DX

Condivisione di算法,分配,应用

MATLAB的变换结构,在应用软件个性化中进行编程分析和数据处理。在斯维卢波的结构上,在斯维卢波的界面上,在斯维卢波的环境上,在整合上,在轮廓器上。I prodotti per la distribuzione delle applicazioni MATLAB consentono di integrare I propri algoritmi MATLAB concodice C, c++ e applicazioni Java™esistenti, di distribuire gli algoritmi siluppati le接口个性化来applicazioni独立,di convertire gli algoritmi MATLAB在组件微软®.NET o COM a cui si può accere da qualsiasi applicazione su base COM e di creare add-in di microsoftexcel®

È可能的integrare MATLAB con gli strumenti di生物信息学più usati come BioPerl, i servizi web basati su SOAP e插件COM。

Condivisione di算法,分配,应用。

Condivisione di算法,分配,应用。

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