主要内容

molviewer

显示和操作三维分子结构

语法

molviewer
molviewer (文件）
molviewer (pdbID）
molviewer (pdbStruct）
FigureHandle= molviewer(…)

输入参数

文件

指定下列之一的字符向量或字符串:

  • MATLAB中文件的文件名®搜索路径或在MATLAB当前文件夹

  • 路径和文件名

  • 指向文件的URL (URL必须以协议开头，如http://， ftp://，或file://)

引用的文件是一个分子模型文件，例如蛋白质数据库(PDB)格式的文件(ASCII文本文件)。有效的文件类型包括:

  • PDB

  • 摩尔(MDL)

  • 自卫队

  • XYZ

  • SMOL

  • JVXL

  • CIF / mmCIF
pdbID 指定PDB数据库中蛋白质结构记录的唯一标识符的字符向量或字符串。

请注意

PDB数据库中的每个结构都由一个四个字符的字母数字标识符表示。例如,4 hhb是血红蛋白的标识符。
pdbStruct 类返回的字段，为每个PDB记录包含一个字段的结构getpdb或pdbread函数。

输出参数

FigureHandle 分子查看器的图形手柄。

描述

molviewer打开“分子查看器”应用程序。您可以通过选择显示三维分子结构文件>打开，File >加载配电盒ID,或文件>打开URL．

molviewer (文件）读取分子模型文件中的数据，文件，并打开分子查看器应用程序，显示三维分子结构，以便查看和操作。

molviewer (pdbID）检索蛋白质的结构数据，pdbID，从PDB数据库打开分子查看器应用程序，显示三维分子结构进行查看和操作。

molviewer (pdbStruct）从pdbStruct，一个包含每个PDB记录的字段的结构，并打开分子查看器应用程序，显示用于查看和操作的3-D分子结构。

FigureHandle= molviewer(…)将图形句柄返回到“分子查看器”窗口。

提示

你可以通过FigureHandle到evalrasmolscript函数，它将RasMol脚本命令发送到分子查看器窗口。

提示

如果您收到任何与内存或Java相关的错误®堆空间，请尝试增加Java堆空间//www.ru-cchi.com/matlabcentral/answers/92813-how-do-i-increase-the-heap-space-for-the-java-vm-in-matlab．

显示三维分子结构后，您可以:

  • 将鼠标悬停在分子的子成分上，显示该分子的识别标签。

  • 通过点击拖动，以不同的角度旋转和旋转分子。

  • 旋转分子x z点击平面．

  • 旋转分子x - y通过按压和握住平面转变键，然后点击拖动左右。

  • 放大在无级的方式按下和持有转变键，然后点击上下拖动。

  • 通过单击图形，然后转动鼠标滚轮，或单击以下按钮，逐步放大:

    或

  • 通过按压和握住来移动分子Ctrl+Alt，然后点击拖动。

  • 通过单击，在黑色和白色之间更改背景颜色．

  • 通过单击重置分子位置．

  • 通过单击显示或隐藏控制面板．

  • 通过在控制面板中选择选项来操作和注释3d结构，或者通过右键单击“分子查看器”窗口来选择命令，以获得完整的选项列表:

  • 单击，显示Jmol脚本控制台．

    请注意

    有一个已知的漏洞开放脚本编辑器中防止交互式加载Rasmol脚本的按钮。而是使用evalrasmolscript函数发送RasMol脚本命令到分子查看器此外，您还可以复制并粘贴脚本命令到脚本控制台。

例子

查看乙酰水杨酸(阿司匹林)分子，其结构信息包含在Elsevier MDL分子文件中aspirin.mol．

molviewer (“aspirin.mol”）

查看H5N1流感病毒血凝素分子，其结构信息位于www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz．

molviewer(“https://www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz”)

查看PDB标识符为的分子2 dhb．

molviewer(“2 dhb”)

查看PDB标识符为的分子4 hhb，并为分子查看器创建一个数字句柄。

FH = molviewer('4hhb')

使用getpdb函数从PDB数据库中检索蛋白质结构数据，并创建MATLAB结构。然后观察蛋白质分子。

Pdbstruct = getpdb('1vqx') molviewer(Pdbstruct)

版本历史

在R2007a中引入

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另请参阅

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