生物信息学工具箱™比例算法应用程序para secuenciación de próxima generación (NGS), análisis de microarrays, espectrometría de masas y ontología genética。基因表达综合数据库genómicos y proteómicos en formatos de档案estándar como SAM, FASTA, CEL y CDF, así como en base de datos在线故事como基因表达综合数据库®德尔NCBI。我们的探索,我们的数据,我们的安全,我们的空间,我们的家园。工具箱también比例ciona técnicas estadísticas para detector picos, imputar vorires a datos ausentes y eccionar características。
把工具箱里的各种功能结合起来,把它们结合起来bioinformáticos习惯。芯片- seq对识别因子transcripción,分析数据RNA-Seq对识别基因expresados diencialmente,识别变异基因número de副本y SNP en datos de微阵列,y分类性能proteínas usando datos de espectrometría de masas。
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Mas给:
生物信息学工具箱比例算法técnicas de visualización para el análisis de secuenciación de próxima generación。Esta工具箱permite分析基因组完整mientras se realizan cálculos en el nivel de resolución de par base。我们的导航系统,能看到的,能看到的,能看到的,能看到的极端情况único极端情况。También我们的国家,我们的国家,我们的国家,我们的国家,我们的国家,我们的国家。
Almacenamiento y gestión安全的数据和讲座
我们的信息和信息的结合análisis de secuenciación de próxima generación我们的记忆física。生物信息学完整基因组数据分析工具箱。
El objetoBioIndexedFile
Permite acceder al contenido de archivos de texto que incluyen entradas de tamaño没有制服,故事como secuencias, anotaciones y referencias cruzadas al conjunto de datos。Puede general estos objetos a partr de tablas, archivos planos o formatos específicos de aplicaciones, tales como SAM, FASTA y FASTQ。
领导班级拉BioMap
阿尔玛塞纳información有安全保护的讲堂,包括有安全保护的讲堂,有安全保护的讲堂,有安全保护的讲堂,有安全保护的讲堂,有安全保护的讲堂,有安全保护的讲堂和有安全保护的讲堂asignación a una única有安全保护的讲堂。我们的目标métodos我们的目标是探索的,我们的目标,我们的目标。
Normalización de微阵列
Puede utizar varios métodos para normalizar los datos de microarrays, tales como regresión local, media global, desviación media absoluta (DMA) y normalización cuantil。可能aplicar且这些metodos todo el芯片微阵列o地区o bloques especificos。我们的渔网imputación我们的渔网,我们的渔网,我们的渔网análisis y visualización。
Análisis y visualización de datos
生物信息学工具箱,允许实现的方法和计算的价值,expresión génica (conjunto de sondas)的数据的一个部分,数据的nivel de sonda微阵列Affymetrix®多阵列鲁棒算法(RMA) y多阵列鲁棒算法(GCRMA)。有可能的aplicar la segmentación二元循环的CGH阵列数据y估计的la tasa de descubrimiento falso de diversas hipótesis que prueban数据de expresión génica en un微阵列实验。También我们所有的一切都是正常的,我们所有的一切都是不变的,我们所有的一切都是不变的,我们所有的一切都是不同的。
微阵列可视化数据包括gráficas de volcán, gráficas de cajas, gráficas logarítmicas, gráficas I-R de calor espacales del微阵列。También puede visualizar ideogramas con parones de bandas G。
Con las rutinas de统计和机器学习工具箱™, puede clasclasalresultados, realizar聚类jerárquico y K-means y代表los数据del microarray en visualizaciones estadísticas, tales como clustergramas 2D con un orden óptimo de hojas, mapas de calor, gráficas de componentes principales y árboles de clasificación。
生物信息学工具箱中有关功能的部分análisis de datos de espectrometría de masas。Estas funciones permiten pre - procar, classification e - identifier marcadores a parr de datos SELDI, MALDI, LC/MS y GC/MS。前加工过程中包含了corrección de línea de referencia, suavizado, calibración y remuestreo。光谱处理的线性数据,处理过程的方法和方法,实现的方法和时间的线性数据retención数据LC/MS和GC/MS。Se pueden代表simultáneamente diversos espectros de forma gráfica。
可能的suavizar,线性正态化光谱y, después, usar herramientas de clasificación y aprendizaje estadístico para crear clasificadores e identitybiomarcadores potential。
Teoría y visualización de gráficas
生物信息学工具箱permite aplicar la teoría gráfica básica矩阵分散。Puede crear, ver y manular gráficas tales como mapas de interacción, gráficas jerárquicas y vías celulares。可能的决定性的las vías más cortas en gráficas,可能的ciclos en gráficas dirigidas y encontrar isomorfismo entre dos gráficas。
Visualización y aprendizaje estadístico
生物信息学算法工具箱clasificación y aprendizaje estadístico de统计和机器学习工具箱,故事接踵而至:
- 矢量分类器más cercanos y máquina矢量分类器(SVM)
- 配置实验的菌丝validación cruzada y medir el rendimiento de different métodos de clasificación
- Herramientas interactivas para ecciciar características, sigignar y visualizar gráficas de jerarquía y vías celulares
Ontologia genica
生物信息学工具箱permite acceder la base de datos基因本体desde MATLAB®, analizar archivos anotados de ontología génica y obtener subconjuntos de ontología, tales como祖宗,子孙o父母。
我是安全的
工具箱里的东西,物品métodos para el análisis安全的东西,有安全的东西,有安全的东西,有安全的东西,有安全的东西,有各种安全的东西。比如:
- MATLAB算法的实现estándar对区域和全球安全问题的解决,尼德曼-温施,史密斯-沃特曼和马尔可夫视觉模型的实现
- 团结进步múltiple安全
- 代表gráficas结果的矩阵
- 矩阵puntuación estándar,矩阵PAM和BLOSUM的家族
- Cálculo安全协商visualización安全协议
Estadísticas y utildades de secuencias
工具箱,许可,操纵,分析,安全,对,获取,那comprensión más,我们的数据。Puede hacer lo siguiente:
- 安全的转换,安全的ADN o ARN en安全的aminoácidos usando el código genético
- Realizar análisis estadísticos de las secuencias y buscar赞助人específicos dentro de una secuencia
- 阿普雷卡的变形物和enzimas de restricción para la asimilación mediante simulación informática de secuencias o crear secuencias aleatorias para casos de prueba
- 前任的结构,次生的mínima energía自由的,las安全的,ARN
Visualización de secuencias
这是一种可视化的安全工具。GenBank的信息系统。为ARN的继发结构提供可能的可视化图表。我的朋友们,我的朋友们,我的朋友们,我的朋友们,我的朋友们。
Análisis filogenético de árboles
Esta工具箱permite crear yeditar árboles filogenéticos。nucleótidos o aminoácidos alineadas o没有alineadas的使用,una amplia gama de métricas de类似,故事的ju克斯-康托,遥远的p, puntuación de alineamiento o un método de遥远的确定,我们的通常。Los árboles filogenéticos se crean实用的el enlace jerárquico con diversas técnicas,包括la unión de vecinos, el enlace único y completo, y el promedio aritmético de grpos de pares no ponderados (UPGMA)。
工具箱的soporta La ponderación y el cambio de raíz de árboles, el cálculo de subárboles y el cálculo de La forma canónica de los árboles。El visor de árboles filogenéticos permite poar, reordenar y renombrar ramas,探索距离y leer o escribir archivos con formato Newick。También se pueden效用las herramientas de anotación de MATLAB para crear árboles con calidad de presentación。
Análisis de características de proteínas
这个工具箱的比例,técnicas de análisis de安全的,proteínas,包括,rutinas, para calcular las, apedades, de安全的peptídica tales como composición atómica, punto, isoeléctrico y peso分子。Puede determinar la composición de aminoácidos de las secuencias de proteínas, escindir una proteína con una enzima y crear gráficas backbone y gráficas de Ramachandran de datos PDB。我们有一个完整的系统,有一个完整的系统,有一个完整的系统aminoácidos,有一个完整的系统,有一个完整的系统,moléculas有一个完整的三维结构分子。
档案格式和资料基础
档案格式estándar de datos biológicos,数据库在线网站。生物信息学工具箱:
- 我们的文件格式和安全数据estándar,有FASTA, PDB和SCF
- 微阵列数据与档案格式DAT, EXP, CEL, CHP和CDF Affymetrix,图像格式结果数据®安捷伦档案馆®特征提取软件档案GPR y GAL de GenePix®
- Leer datos de base de datos online como GenBank, EMBL, NCBI BLAST y PDB
- 基因表达的直接重要资料,综合的,非单兵作战的
- Leer información de bandas citogenéticas de ideogramas del NCBI o档案馆de texto de citbandas de la UCSC
- Leer datos de espectrometría de masas de archivos MZXML y JCAMP-DX
我们是算法的比较法和应用程序的区分法
MATLAB比例,herramentas,许可,转换,su程序,análisis, datos, enuna aplicación,软件,个性化。这是desarrollo的日常生活界面,是desarrollo的集成视觉和性能的总称。MATLAB允许积运算法则,MATLAB con applicaciones C, c++ y Java™可选,分离运算法则,分离运算法则,独立运算法则,MATLAB组件,微软的转换运算法则®。net o COM是微软Excel的一个补充®.
Puede积分MATLAB con herramientas de bioinformática de uso habitual, como BioPerl, servicicios web basados en SOAP y互补COM。