Brain-Observatory-Toolbox
大脑观测工具箱
一个MATLAB工具箱，用于访问和使用神经记录公共数据集艾伦大脑天文台1．
️找到方向并开始3行代码．您可以:
- 在MATLAB Online中打开
- 输入
> >机器人。自述在您自己的本地/云上安装
无论哪一种都会让你找到几个现场脚本示例可用于指导新用户，包括演示神经数据分析&教程涵盖大脑观测工具箱的概念和操作。
您还可以在MATLAB Online上单独查看()或运行(▶️)这些示例:
| 实例类型 | 数据类型 | 视图 | 运行 | 数据类型 | 视图 | 运行 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 快速入门 | 钙成像(物理学) | ▶️ | 神经像素探针(Ephys) | ▶️ | ||
| 演示 | 钙成像(物理学) | ▶️ | 神经像素探针(Ephys) | （*） | ||
| 教程 | 钙成像(物理学) | ▶️ | 神经像素探针(Ephys) | （*） |
(*)目前建议仅在本地机器或客户云实例上使用这些数据密集型示例，不适用于MATLAB Online
大脑观测工具箱还处于早期阶段;该接口在v0.9版本中不保证稳定。x版本。
问题吗?建议吗?障碍?代码贡献者定期监控用户发布的内容GitHub的问题和文件交换讨论．
关于艾伦大脑天文台的数据集
发布的数据来自艾伦大脑天文台的数据包括两个神经活动记录数据集:
| 数据集 | 记录类型 | 昵称 | 细节 |
|---|---|---|---|
| 视觉编码神经像素2 | 大规模神经探针记录 | “ephys”(电生理学) | 细节 |
| 视觉编码2P3. | 双光子钙成像 | “physis”(光学生理学) | 细节 |
视觉编码数据集都是在呈现不同视觉刺激时从活小鼠大脑中收集的。技术白皮书(参见每个数据集的详细信息)提供了有关实验技术和计算管道的详细信息。
关于大脑观测工具箱(BOT)
大脑观测工具箱(BOT)提供了一个统一的接口来访问和使用视觉编码神经数据集。
BOT接口提供表格表示可用的数据集项和对象特定数据集项的表示:
安装
安装Brain Observatory工具箱的最简单方法是使用扩展浏览器：
- 启动附加组件资源管理器
- 搜索“Brain Observatory Toolbox”
- 按“添加”按钮。
所需的产品2022世界杯八强谁会赢？
- MATLAB (R2021a或更高版本)
- 图像处理工具箱(如果运行可视化编码2P演示)
OphysDemo.mlx）
致谢
最初的工程工作由心理文化研究基金会和汉普郡学院的谢尔曼费尔柴尔德奖支持，并由大脑、心智和机器研究中心在麻省理工学院任教。
脚注
版权所有2016艾伦脑科学研究所。艾伦大脑天文台。可以从:portal.brain-map.org/explore/circuits．↩
版权所有2019艾伦脑科学研究所。视觉编码神经像素数据集。可以从:portal.brain-map.org/explore/circuits/visual-coding-neuropixels．↩
版权所有2016艾伦脑科学研究所。可视化编码2P数据集。可以从:portal.brain-map.org/explore/circuits/visual-coding-2p．↩
引用作为
伊桑·迈耶斯(2023)。Brain-Observatory-ToolboxGitHub (https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.3.4)。检索．
+机器人
外部/ + fex + bot / + / + filedownload
+ bot / +内部
+ bot / + / +内部抽象
+ bot / +内部/ +枚举
+ bot / + / + fileresource内部
+ bot / + / + nwb内部
+ bot / + / +内部实效
+ bot / +项目
+ bot项目/ + / +混凝土
+ bot项目/ + / +内部
+ bot项目/ + / + / +内部抽象
+ bot项目/ + / +内部/ +枚举
+ bot项目/ + / + / +内部mixin
+ bot / +跑龙套
+ bot / +内部
演示
快速入门
教程
| 版本 | 发表 | 发布说明 | |
|---|---|---|---|
| 0.9.3.4 | 参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.3.4 |
||
| 0.9.3.3 | 参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.3.3 |
||
| 0.9.3.2 | 参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.3.2 |
||
| 0.9.3.1 | 参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.3.1 |
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| 0.9.3.0 | 参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.3 |
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| 0.9.2 | 参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.2 |
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| 0.9.1 | 参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/emeyers/Brain-Observatory-Toolbox/releases/tag/v0.9.1 |
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| 0.9 |
